- PVSM.RU - http://www.pvsm.ru -

Летняя школа по биоинформатике

image

В этом посте, дорогой читатель, я кратко расскажу о том, как 100+ человек могут с пользой для знаний весело провести неделю лета.
Я постарался описать событие так, чтобы даже человек, находящийся совершенно не в теме, о чем идет речь, все равно бы прочитал с интересом и все понял.
В общем, это пост о нашей школе по биоинформатике, проходившей с 29 июля по 4 августа под Москвой. За подробностями — под кат.
Осторожно, траффик, все фото без катов!

image
Участники, организаторы и некоторые спикеры школы.

Введение

Итак, примерно в апреле Институт биоинформатики [1] начал прием заявок на конкурсный отбор в летнюю школу. Заявлялось, что это будет недельное обучение различным дисциплинам в области биоинформатики, проходящее где-то под Москвой с оплатой проживания.
Тут надо сказать, и я полагаю, что это будет интересно читателю, который пока что чувствует себя «не в теме», что на описываемый мной момент, с биоинформатикой меня связывал только пройденный курс «Алгоритмы в биоинформатике» в Computer Science клубе [2]. К слову, и на этот курс я тоже попал практически случайно, просто захотелось послушать что-то новое.
Сам я родом из Санкт-Петербургского Технологического института, с факультета Информационных технологий и управления, разрабатываю ПО, в основном на С++ и С++ Qt. В общем, как видите, самый обычный технарь. Никаких знакомств у меня в биоинформатике не было, кроме дальнего, на тот момент, товарища, который это все посетить и посоветовал.
Я подал заявку, и в июле меня оповестили о том, что я принят и что мне, как и всем участникам, будет оплачен трансфер от МГУ до пансионата, где все будет проходить, и обратно, а так же проживание и питание.

Школа

Первый день отличался от всех других в первую очередь тем, что занятия проходили на кафедре биологии МГУ. Мне пришлось приехать за день, поэтому я провел ночь у подруги в квартире, окна которой как раз выходили на шпиль МГУ. Я был уверен, что находясь в области прямого зрительного контакта от нужной точки, я доберусь туда без труда. Однако, утром я был немного удивлен тем, что автобусы ездят не совсем очевидными для меня маршрутами вокруг, а большая часть москвичей не может внятно ответить, как добраться. Пропущу долгое повествование, наполненное нецензурной лексикой, и скажу лишь, что до места встречи я добрался лишь благодаря встреченным по пути другим участникам.

Кстати, об участниках, по условиям набора, подать заявку мог любой желающий, но предпочтение отдавалось IT-шникам и биологам. Эта двоякость была отображена как в самой организации школы: участники были разбиты по потокам, биологи и информатики соответственно, так и в символике: на футболках, выданных каждому, были изображены цветок и компьютер. Правда насчет того, компьютер ли это, мы все так и не определились. Были варианты, как: мироволновка, печка, теливизор, окно MacOS и т.д. Другие варианты можно предложить в комментариях :)

image image
Вентилятор и печка с вытяжкой Цветок и компьютер.

Ну и конечно были на школе и уже зрелые биоинформатики, то есть и то и другое. А позднее нам по секрету рассказали, что и в номера селить старались смешивая потоки, чтобы был обмен знаниями.

Перед аудиторией на факультете биологии в МГУ, помимо футболок, нам выдали бейджик, блокнотик, ручку и прочую атрибуцию спонсоров школы, а так же расписание [3]. Можно обратить внимание на то, что занятия у потоков иногда разные.
В первый день было сразу же интересно и мало совсем уж непонятного (чего я и боялся), особенно заинтересовала лекция «Генетическое репрограммирование соматических клеток: что нам даёт биоинформатика» о стволовых клетках. Я буду упоминать по ходу статьи только некоторые лекции без особого описания их содержания, потому, что все видеозаписи будут доступны в ближайшее время на этой странице [4], и если вас что-то заинтересует — вы сможете просмотреть лекцию.
После всех выступлений мы отправились в пансионат около Менделеево. По пути осознал насколько плохо жить в Москве — часовую дорогу мы ехали 2.5 часа.

image
Место жительства и обучения.

В пансионате было все нужное для обучения — интернет (хоть и постоянно падающий от нагрузки), аудитории, доски, розетки.
Занимались мы много, зачастую с 10 до 7 вечера, иногда и больше. Но если человек устал — никто не мешал ему прогуляться по природе вместо занятия или поспать.
Порадовал еще следующий организационный момент: так называемые «кофе-брейки» — перерывы на кофе между лекциями, где кроме самого кофе всгеда был чай и печеньки или другие плюшки.

image
Кофе-брейк

Второй день был тоже довольно простым, все было понятно даже непосвященному человеку, рассказали (информатикам, у биологов было параллельно что-то другое) об основах микробиологии, строении клетки, органеллах и т.д. Так же было небольшое задание с юнит-тестами и пайплайном на питоне.
Вечером было занятие-игра со сборкой генома. Суть в следующем: вам выдают много листков с ридами и ваша команда должна как можно быстрее собрать их и записать полученный геном. Кто справится быстрее и качественнее всех — того и тапки. Наша команда победила :) Игра полезная тем, что если кто-то еще не понял, что такое сборка генома, то по ней точно наглядно поймет. Ну и, она просто веселая.

image
Наша команда с призом.

image
Еще одна хорошая команда :)

image
Правильный ответ.

На следующий день очень в тему была лекция Сергея Нурка о графах де Брюйна [5] и их применении для сборки генома — теперь люди, игравшие в сборку прошлым вечером, могли понять как сделать тоже самое на компьютере, быстро и качественно.
Еще запомнилась пара о стартапах в биоинформатике. Было много интересных разговоров и новой информации, понял как действует система грантов, послушал людей, уже имеющих опыт в этой сфере, рассказавших свои истории.

Честно говоря, не помню с какого дня, но довольно скоро стали входить в традицию ночные, а у кого-то даже доутренние тусовки. Они включали в себя социальные и настольные игры: Шляпа [6], Мафия [7], Эволюция [8], ну а у кого-то и употребление спиртосодержащих напитков. Участвовали в таких общественных инициативах не все, но большинство. Был забавный момент, когда из скудных запасов спиртного был организован мини-бар около играющих. Я думаю, эта веселая фича запомнилась всем, кто там был :)

image
Мини-бар на заднем фоне во время игры.

Еще были презентации студентов, так называемая мини-конференция. Вышло интересно, много серьезных проектов, много талантливых ребят. Презентации так же записывались, так что кому интересно посмотреть на будущее биоинформатики — дождитесь когда материалы со школы выложат на сайт. Выступлений было 13 за 2 пары, не буду кого-то выделять, потому, что выйдет субъективно, но есть что посмотреть.

В пятницу и субботу говорили о BLAST, точнее о его устройстве. BLAST — инструмент для поиска схожести между последовательностями белков и нуклеотидов. На лекции разбирались статистические методы, позволяющие оценить значимость совпадений этих последовательностей и отличить
действительно неслучайные совпадения от случайных. В общем ура, это былая родная теория вероятностей и мат. статистика.
В субботу так же послушал про динамику синтетических сетей генной регуляции, очень заинтересовало, прежде о таком не знал. В этой области занимаются тем, что исследуют средствами математического моделирования особенности функционирования реальных генных сетей, управляющих различными процессами в организме. С помощью этих моделей можно предсказывать и анализировать сложную динамику генных сетей и на этой основе целенаправленно конструировать синтетические сети и клеточные системы с заданными индивидуальными и коллективными свойствами.

А потом мы фотографировались (первое фото в посте), много фотографировались [9] :) Есть даже гифка [10]. После группового фото была еще пара лекций, а потом прощальный вечер, с едой и напитками, любезно предоставленными организаторами, общением, играми и даже танцами. За последнее ответственен товарищ Андрей Афанасьев, спикер, подогнавший автомобиль с колонками :) В общем, для полной ламповости вечера (а у кого-то и ночи, перетекшей в утро) не хватало только костерка с историями. В любом случае, расставаться было неприятно, только свыклись друг с другом.

Заключение

В общем, школа удалась и удалась на ура. В первую очередь, конечно, в социальном плане — люди перезнакомились, а знакомства в науке многое значат, не удивлюсь, если в будущем эти ребята начнут совместные проекты или решат связать свою жизнь с биоинформатикой благодаря этой школе. Это классно, когда учеба проходит в неформальной обстановке, в приятной компании людей, с которыми ты потом вечером общаешься и развлекаешься. Это круто, когда тебе передают опыт настоящие специалисты своего дела и практики, которые хорошо понимают, как все рассказанное происходит, а не преподаватели, зачитывающие учебник, как это бывает в некачественных ВУЗах. Ну и конечно здорово чувствовать, что внедряешься в действительно востребованную область, в науку будущего, еще только-только набирающую обороты. Но, как и всегда, нужно терпение и целеустремленность.

Эта школа была первой в практике наших организаторов (см. благодарности) и для первого раза, на мой субъективный взгляд обычного участника, все по высшему разряду. Да, у нас были неприятные моменты, никак от организаторов не зависящие, например чудная эпидемия ангины, но в итоге над этой же ангиной скорее прикалывались, чем боялись ее (см. сертификат). В остальном даже не на что пожаловаться, что редкость в нашей стране, есть только пожелания и охота попасть туда еще.

image
Сертификат участника школы.

Послесловие

Благодарности

Еще раз выражаю благодарность за старания и возможность получить кучу приятных эмоций, от имени всех участников школы, следующим товарищам:

image

И, конечно, всем спикерам, а так же нам, участникам.

Для участников

Спасибо за эту классную неделю, все вышло очень тепло и по-дружески. Мне не хватает ночных посиделок в коридоре.
Не разбегайтесь, а то оно как обычно бывает, в друзья в ВК добавили друг друга и забыли. Так не пойдет :)

Для и просто читателей которые живут в Санкт-Петербурге

Институт биоинформатики продолжает набор студентов на программы Алгоритмическая биоинформатика [29] и Биоинформатика для биологов [30].

Для всех остальных

Организаторы заявили, что, возможно, в следующем году школа будет проведена еще раз, на этот раз планируется в Питере. Если тебе понравилось описанное, дорогой читатель, то обязательно попытай счастья через год и подай заявку.

Всем науки, пока.

Автор: UndeadDragon

Источник [31]


Сайт-источник PVSM.RU: http://www.pvsm.ru

Путь до страницы источника: http://www.pvsm.ru/bioinformatika/40614

Ссылки в тексте:

[1] Институт биоинформатики: http://bioinformaticsinstitute.ru/

[2] Computer Science клубе: http://logic.pdmi.ras.ru/csclub/

[3] расписание: http://bioinformaticsinstitute.ru/summer2013/schedule#bottomlink

[4] этой странице: http://bioinformaticsinstitute.ru/summer2013

[5] графах де Брюйна: http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B1%D0%BE%D1%80%D0%BA%D0%B0_%D0%B3%D0%B5%D0%BD%D0%BE%D0%BC%D0%B0#.D0.93.D1.80.D0.B0.D1.84.D1.8B_.D0.B4.D0.B5_.D0.91.D1.80.D1.91.D0.B9.D0.BD.D0.B0

[6] Шляпа: http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A8%D0%BB%D1%8F%D0%BF%D0%B0_(%D0%B8%D0%B3%D1%80%D0%B0)

[7] Мафия: http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%B0%D1%84%D0%B8%D1%8F_(%D0%B8%D0%B3%D1%80%D0%B0)

[8] Эволюция: http://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%AD%D0%B2%D0%BE%D0%BB%D1%8E%D1%86%D0%B8%D1%8F_(%D0%BD%D0%B0%D1%81%D1%82%D0%BE%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%B0%D1%8F_%D0%B8%D0%B3%D1%80%D0%B0)

[9] много фотографировались: http://vk.com/albums-53484267

[10] гифка: http://vk.com/doc46053_209442256?hash=919e44e3a59f9a19de&dl=a3acaa368964a5f538&wnd=1

[11] Баранов Ярослав: http://ru.linkedin.com/pub/yaroslav-baranov/66/101/501

[12] Вяххи Николай: http://spbsu.ru/vyahhi/

[13] Григорьев Кирилл: http://ru.linkedin.com/in/kirillgrigorev

[14] Пржибельский Андрей: http://bioinformaticsinstitute.ru/teachers/prjibelski

[15] Райко Михаил: http://www.linkedin.com/pub/mike-raiko/45/3a/895

[16] Чайкина Екатерина: http://www.linkedin.com/in/chaykina

[17] Черныш Анна: http://www.linkedin.com/in/annachernysh

[18] Санкт-Петербургский Академический университет РАН: http://spbau.ru/

[19] Институт проблем передачи информации РАН: http://www.iitp.ru/ru/about

[20] Факультет биоинженерии и биоинформатики МГУ: http://www.fbb.msu.ru/

[21] Программа GameChangers: http://gamechangers.ru/

[22] Фонд некоммерческих программ «Династия»: http://dynastyfdn.com/

[23] Российская Венчурная компания: http://www.rusventure.ru/ru/

[24] Российский фонд фундаментальных исследований: http://www.rfbr.ru/rffi/ru/

[25] Компания JetBrains: http://www.jetbrains.com/

[26] Компания BIOCAD: http://www.biocad.ru/

[27] Компания «Диаэм»: http://www.dia-m.ru/

[28] Life Technologies: http://www.lifetechnologies.com/ru/ru/home.html

[29] Алгоритмическая биоинформатика: http://bioinformaticsinstitute.ru/admissions/inf

[30] Биоинформатика для биологов: http://bioinformaticsinstitute.ru/admissions/bio

[31] Источник: http://habrahabr.ru/post/189062/