Рубрика «биоинформатика»

GoTo в ИТМО: Ботали неделю. Порвали 2 баяна - 1

Совсем недавно закончилась очередная школа GoTo в СПб. В отличие от прошлой осени, в этот раз Питер порадовал нас большим количеством солнечных и теплых ноябрьских дней, их было целых два. В один из этих дней боевые единицы из юных и не очень программистов отправились добывать код: поцеловать незнакомых петербуржских девушек, пройти кастинг в Мариинку на эскалаторе, накормить Олега Георгиевича кровью невинного программиста и запечатлить лик Наполеона между ног коня.
В остальные дни мы по старинке делали мы не менее увлекательные проекты по биоинформатике, машинному обучению, распределенным системам и гоняли чаи на кухне с разговорами о прекрасном. Отчет ИТМО можно прочесть здесь.
Не возьмемся судить о том, что читателю интереснее, обо всем по порядку под катом.
Читать полностью »

«Мы разработали более совершенные технологии для подбора обуви на Amazon, чем для выбора типа лечения больных раком», — так отзывается профессор MIT Регина Барзилай (Regina Barzilay) о текущем состоянии высокотехнологичных медицинских проектов. Оценка неутешительная: зачастую «популярные» направления, такие как электронная коммерция, по уровню использующихся технологий опережают более социально важные сферы.

Однако есть и хорошие новости: решения, которые разрабатывались для условного «поиска обуви» можно использовать и для помощи больным. И спрос на такие разработки только растет: по прогнозам агентства Frost & Sullivan, объем одного только рынка медицинских разработок, использующих машинное обучение и большие данные, увеличивается на 40% ежегодно и к 2021 году составит 6,6 миллиардов долларов.

Сегодня расскажем о том, как большие данные используются в медицинских проектах и какие разработки в этом направлении ведутся в Университете ИТМО.

Большие данные и машинное обучение: новые возможности для медицины - 1Читать полностью »

Если спросить случайного прохожего, что такое биология, он наверняка ответит что-то вроде «наука о живой природе». Про информатику скажет, что она имеет дело с компьютерами и информацией.  Если мы не побоимся быть навязчивыми и зададим ему третий вопрос – что такое биоинформатика? – тут-то он наверняка и растеряется. Логично: про эту область знаний даже в ЕРАМ знает далеко не каждый – хотя в нашей компании и биоинформатики есть. Давайте разбираться, для чего эта наука нужна человечеству вообще и ЕРАМ в частности: в конце концов, вдруг нас на улице об этом спросят.
Просто о сложном: что нужно знать о биоинформатике - 1
Читать полностью »

Мы часто говорим о задачах, которые лежат на стыке той или иной классической науки и анализа данных. В сегодняшнем докладе эта идеология представлена воочию — большую часть доклада читает учёный, а о конкретных методах и инструментах рассказывает программист.

Под катом — расшифровка и основная часть слайдов.

Читать полностью »

Чтобы погрузиться в относительно новую для себя научную область, существует огромное количество самых разных мероприятий и проектов. В последние годы их количество и форматы значительно расширились: это открытые лекции и целые научные фестивали, онлайн-курсы и онлайн-программы, летние стажировки и школы, неформальные лекции в барах, опенсорсные проекты и так далее.

Уже пять лет Институт биоинформатики собирает ученых-биоинформатиков и студентов со всей страны и в течение недельной интенсивной учебы за городом на летней школе направляет биологов, медиков, информатиков и математиков в сторону биоинформатики — до сих пор очень динамично развивающейся области. С 2013 года мы записываем лекции на видео и собираем подборку полезных материалов для тех, кто не участвует в мероприятиях, но хотел бы развиваться в этой области.

Программа школы разрабатывается таким образом, чтобы объединить мир биологии и программирования и стимулировать не только развитие профессиональное развитие, но и междисциплинарное общение.

image

Мы продолжаем делиться архивом видеозаписей лекций летних школ. Лекции, которые можно смотреть без дополнительной подготовки, отмечены «*». Просмотр остальных лекций требует знаний в области биологии и программирования. Под катом описание содержания лекций, ссылки на слайды и видеозаписи.
Читать полностью »

Мы уже несколько раз упоминали серию мероприятий Data & Science, где специалисты по анализу данных и учёные рассказывают друг другу о своих задачах и ищут способы для взаимодействия. Одна из встреч была посвящена биоинформатике. Это отличный пример отрасли, где есть масса ещё не решённых задач для разработчиков.

Алгоритмические задачи в биоинформатике. Лекция в Яндексе - 1

Под катом вы найдёте расшифровку лекции Игната Колесниченко — выпускника мехмата МГУ и Школы анализа данных. Сейчас Игнат работает ведущим разработчиком службы технологий распределённых вычислений Яндекса.

Читать полностью »

Этой весной наша проектная школа в очередной раз состоится в новом месте. На это раз, мы едем в Иннополис – изучать новый город и университет, о котором пока только наслышаны. До школы мы планируем умудриться провести методический интенсив для преподавателей на основе проекта по интернету вещей и митап по информационной безопасности.

image
#ужевыехали
Читать полностью »

Elixir в биоинформатике - 1

В этой статье я расскажу о своей попытке использования библиотеки GenStage, а в частности модуля Flow, для реализации одного из алгоритмов биоинформатики. На протяжении последних двух лет я занимался разработкой комплексной системы хранения и поиска результатов метагеномного анализа (метагеномика) углеводородного сырья. Наверное, для многих это китайская грамота. Фактически такой анализ означает выявление всех типов микроорганизмов, обитающих, к примеру, в залежах нефти. Некоторые из этих микроорганизмов, преимущественно бактерии, способны разъедать стальные трубы и создавать множество других неблагоприятных эффектов.
Читать полностью »

ДНК, новые технологии и геном человека: Биоинформатика в Университете ИТМО - 1

Биоинформатика – перспективная сфера науки и стремительно развивающаяся индустрия. Применение информационных технологий в биологических исследованиях сегодня позволяет тестировать лекарственные препараты в виртуальной среде и расшифровывать последовательности ДНК за считанные часы. В этом материале мы расскажем о биоинформатике и о том, какие разработки ведутся в этой сфере в Университете ИТМО.
Читать полностью »

Разбираемся в противовирусном иммуннитете бактерий CRISPR/Cas, сравнивая с сигнатурным антивирусом.

CRISPR-Cas как сигнатурный антивирус - 1
Читать полностью »