Рубрика «CRISP»

Суперинфекции 2: рубикон проблем, фиаско технологий и новая надежда - 1
(c) Phage therapy

Прошел 91 год со дня открытия пенициллина — первого препарата, совершившего революцию в эффективности лечения бактериальных заболеваний.

За почти век существования антибактериальных препаратов многие болезни практически забылись. Так, с 1947 г. считается, что Yersinia pestis, чумную бактерию, виновницу смерти 150 млн человек, удалось победить. И главным средством первого этапа лечения стали антибиотики.

Однако из-за роста вероятности возвращения забытых и появления новых инфекционных заболеваний Всемирная организация здравоохранения в последнее десятилетие бьет в набат. Причинами катастрофы стали халатность, глупость и эволюция. Скоро даже обычный порез на пальце может закончиться смертью. Но на подходе новые методы борьбы.
Читать полностью »

Data Science проект от исследования до внедрения на примере Говорящей шляпы - 1

Месяц назад Лента запустила конкурс, в рамках которого та самая Говорящая Шляпа из Гарри Поттера определяет предоставивших доступ к социальной сети участников на один из четырех факультетов. Конкурс сделан неплохо, звучащие по-разному имена определяются на разные факультеты, причем схожие английские и русские имена и фамилии распределяются схожим образом. Не знаю, зависит ли распределение только от имен и фамилий, и учитывается ли как-то количество друзей или другие факторы, но этот конкурс подсказал идею этой статьи: попробовать с нуля обучить классификатор, который позволит распределять пользователей на различные факультеты.

Читать полностью »

Постановка задач машинного обучения математически очень проста. Любая задача  классификации, регрессии или кластеризации – это по сути обычная оптимизационная задача с ограничениями. Несмотря на это, существующее многообразие алгоритмов и методов их решения делает профессию аналитика данных одной из наиболее творческих IT-профессий. Чтобы решение задачи не превратилось в бесконечный поиск «золотого» решения, а было прогнозируемым процессом, необходимо придерживаться довольно четкой последовательности действий. Эту последовательность действий описывают такие методологии, как CRISP-DM.

Методология анализа данных CRISP-DM упоминается во многих постах на Хабре, но я не смог найти ее подробных русскоязычных описаний и решил своей статьей восполнить этот пробел. В основе моего материала – оригинальное описание и адаптированное описание от IBM. Обзорную лекцию о преимуществах использования CRISP-DM можно посмотреть, например, здесь.

CRISP-DM: проверенная методология для Data Scientist-ов - 1
* Crisp (англ.) — хрустящий картофель, чипсы
Читать полностью »

Что-то давно не писал, вот решил написать промежуточную статью о развитии RNAInSpace. Первый этап статей собран в Получена траектория сворачивания вироидного рибозима или новости с фронтов при использовании ПО RNAInSpace. Попробуем начать второй этап.

Второй этап я собирался начать со сворачивания тРНК. Тут оказались некоторые проблемы. С другой стороны, есть интересный алгоритм CRA, который должен помочь решить мне эти проблемы. Он сложный и я его не понимаю. Но он реализован в некоторых ПО в основном для Linux. Что есть большое фи. В общем обо все по порядку.

P.S. Ищу тех кто понимает математику и сможет помочь мне разобраться с алгоритмом CRA. С другой стороны, нуждаюсь в помощи тех кто использовал Gromacs.

Читать полностью »

Что-то давно не писал, вот решил написать промежуточную статью о развитии RNAInSpace. Первый этап статей собран в Получена траектория сворачивания вироидного рибозима или новости с фронтов при использовании ПО RNAInSpace. Попробуем начать второй этап.

Второй этап я собирался начать со сворачивания тРНК. Тут оказались некоторые проблемы. С другой стороны, есть интересный алгоритм CRA, который должен помочь решить мне эти проблемы. Он сложный и я его не понимаю. Но он реализован в некоторых ПО в основном для Linux. Что есть большое фи. В общем обо все по порядку.

P.S. Ищу тех кто понимает математику и сможет помочь мне разобраться с алгоритмом CRA. С другой стороны, нуждаюсь в помощи тех кто использовал Gromacs.

Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js