Команда дизайнеров и инженеров Studio Roosegaarde во главе с дизайнером и архитектором Даном Рузгардом, работая совместно с Университетом Стони Брук, представили общественности светящееся растение, внедрив светящийся биологический пигмент люциферин в обычное растение. Несмотря на страшноватое название, люциферин – это просто пигмент, который позволяет таким животным, как светлячки или медузы, вырабатывать свет. Об этом сообщает блог SUNY.
Читать полностью »
Привет! Мы — биотех-стартап «Мой ген». Мы хотим принести в Россию дивный новый мир персональной генетики. В нашем блоге мы планируем размещать последние новости в этой области, представлять интересные научные статьи по биоинформатике, и наверное даже расскажем однажды, каково это — быть биостартапом в нашей стране. Надеемся, что уже скоро в нашу жизнь войдут концепции «облачная лаборатория» и «генетика вещей» (puns intended), и будем этому всячески способствовать своими усилиями.
Читать полностью »
Научные задачи, связанные с обработкой и визуализацией сложных данных, — одни из самых нетривиальных и интересных. В научных экспериментах накапливаются огромные объёмы данных с разнообразными измерения и параметрами, характерными для конкретной области знаний, зачастую взаимосвязанными. При этом удобный и наглядный способ интерпретации этих данных быстро приводит к результату и наглядно демострирует его заинтересованным лицам — а там и до важного открытия рукой подать. Вспомните таблицу Менделеева, диаграммы Фейнмана, спектральные серии веществ, геномные схемы ДНК, карты реликтового излучения.
Я расскажу о научной задаче, с которой нам в Лаборатории данных посчастливилось работать. Мы придумали и реализовали инструмент для сравнения филогенетического расстояния образцов микробиоты и назвали его розой кишечных бактерий:
Неделю назад вышла новая версия симулятора искуственной жизни Darwinbots, статьи о которой я писал год назад на Хабре. После почти годового ожидания на свет вышла минорная версия 2.47, которая принесла следующие изменения (перевод может быть неточным):
Читать полностью »
Продолжая ездить по лабораториям и смотреть, как идут в будущее отечественные ученые, мы заглянули к микробиологу, генетику, Константину Северинову, и он поведал нам о том, какие сейчас наиболее активные течения в биологии, какие вскоре понадобятся ученые в этой области и какого рода задачи они будут решать.
Читать полностью »
В минувшую среду известный краудфандинговый сайт Kickstarter внёс изменения в правила своей работы. К числу запрещённых проектов на сайте добавлены проекты с ГМО (генетически модифицированными организмами). Это произошло всего через пару недель после того, как компания Glowing Plants собрала $484 тыс. на разработку светящихся растений.
Человеку давно свойственно интересоваться окружающим миром и находить объяснения тому окружающим вещам и событиям. Собственно, без этого человек не стал бы человеком. На базе верований, мифов развивалась сначала религия, а потом — и современная наука, которая уже весьма успешно объясняет окружающий мир от очень малых до впечатляющих масштабов. Но всегда оставались люди, которые противились прогрессу и распространяли устоявшиеся мифы, уверяя, что они отвечают на все вопросы и незачем двигаться дальше. Гром гремит — это Перун-громовержец злится; кто-то заболел — это Бог его наказывает, вот тебе объяснения, отстань, не задавай вопросов, а лучше помолись.Современные мифы более глубоки и обычно связаны с наукой. Причины понятна — наука развилась (особенно в последнее время) до такой степени, что часто нужен колоссальный объем знаний, чтобы просто понять, о чем вообще идет речь. У многих людей этого объема нет или безвозвратно потерян, что и снижает их сопротивляемость к разного рода мифам нашего времени. Миф про вредность пищевых добавок Exxx; миф про полезность натурального и вредность «химии»; миф про врачей-убийц, травящих людей прививками; миф про настолько страшное ГМО, что наклейки с надписью «без ГМО» надо клеить даже на салфетки и на пачки с солью.
Что такое ГМО? Зачем они нужны? Как велика опасность и польза от их использования? Есть ли доказательства безопасности этих организмов?Читать полностью »
В предыдущей статье, обсуждение получилось слишком крикливым. Но мы открыли свой сайт и там я переписал более взвешенно. Написанное там рекомендую прочитать, чтобы потом не жаловаться на сложность изложения. На самом деле нужен минимум информации для понимания. Я обещал написать продолжение о своем эксперименте, поэтому те кто заинтересовался проблематикой построения эволюционных деревьев — прошу под кат. Читать полностью »
Этот проект был задуман давно. Лет 5 назад я считал, что многие результаты в геномике могут быть получены людьми далекими от биологии, коим я в полной мере являюсь. Конечно за это время я немного нахватался терминологии и немного узнал как работают специалисты. Но чем больше я узнавал как работают специалисты тем большие отторжение это у меня вызывало. Я считаю, что они явно много незаслуженно усложняют в результате чего не простая область становится не проходимой. В то время как все достаточно просто и качественно можно сделать. И да я с ними пытаюсь конкурировать (конечно, только в определенной узкой области), как бы наивно это не выглядело.
Вся проблема этого проекта — это то, что я его единственный полноценный участник. Конечно, я успел со многими за это время поговорить и многие оказали реальное влияние на проект. Всем им спасибо. Понятно, что не коммерческий проект не сильно может рассчитывать на успех. Да, действительно за каждым научным проектом стоит солидные около миллионные вливания и команда серьезных ученных. У нас этого нет, а есть лишь гуманизм и энтузиазм.
Поэтому в первую очередь я нуждаюсь в советах от тех у кого есть опыт в стартапе подобных проектов на не коммерческой основе. Во вторую очередь, нужна собственно команда программистов (от знания биологии, при необходимости, я вас освобожу :) ). А сейчас я хотел бы найти таких энтузиастов, которые могли бы обеспечить работу (скажем скромно) домашней веб-страницы проекта (прошу писать мне на почту tac@inbox.lv или личными сообщениями хабра). И конечно, важен любой другой отклик и предложения.
А ниже я расскажу идею и то на что претендует проект, а также о текущих результатах, а они в худшем случае сравнимы с теми которые дают специалисты. Но я вполне самокритичен, поэтому всегда готов выслушать критику — желательно не в мой адрес, а в адрес проекта.
Приветствую вас еще раз, дорогие читатели!
Эта статья выкладывается в разгар сессии, так что я могу пропасть из комментариев.
Сегодня разберёмся с настройками симуляции и посмотрим на простейшего бота (или робота, как вам будет удобно). Нет, я не буду досконально рассматривать интерфейс программы – это будет вашим домашним заданием:-) И да, само понятие «генетический алгоритм» четко расписано в Википедии, поэтому опустим это объяснение.
Читать полностью »
