- PVSM.RU - https://www.pvsm.ru -
Станислав Дробышевский [1] в начале года опубликовал подробное дерево происхождения приматов [2]. Версия в ПДФ [3]
Комментаторы во «Вконтакте» просили интерактивную версию (1, [4] 2, [5] 3, [6] 4 [7]), потому что её удобнее изучать и проще обновлять при появлении новых данных.
Мы с Олей Моховой решили помочь палеоприматологии и сделали прототип на d3js.
Слева — исходная схема, справа — наша версия:
Сайт проекта [8]
Расскажу, как шла работа, и какие приёмы нам помогли.
Сперва хотим сделать научно-популярную схему, более продвинутую версию известной картинки:
Но про это уже есть отличный проект Глеба Крауклиша [9].
Мы решаем идти в другую сторону: сделать прототип системы для агрегации археологических данных. Конечно, хочется сделать мегапроект с движением тектонических плит, фотографиями находок, подробной информацией по каждому таксону, ссылками на википедию, графиком среднегодовой температуры. Но решаем для начала сделать интерактивную версию существующей схемы.
На исходной схеме цвет почти не используется. Можно цветом показать, например, на каком континенте нашли зверя.
Ещё хочется нагляднее показать иерархию таксонов (групп организмов).
Делаю первый эскиз:
Сразу же появляются вопросы. Например: «А не должны ли родственные связи как-то зависеть от вложенности таксонов?» Приходится закопаться в Википедию, узнать, про кладистику [10] и монофилию [11]. У Станислава узнаю, что никакой кладистики на схеме нет, а значит дерево родственных связей не обязано совпадать со вложенностью таксонов.
Рисую кусок схемы с данными, похожими на настоящие. Стараюсь использовать максимально неудобные данные, чтобы на стадии макета собрать как можно больше шишек. Беру названия, которые не влезают, показываю, как значение бегунка накладывается на другой текст.
Проект
Плюсы такого решения:
Минусы:
Главная сложность — глубокая вложенность таксонов. Вот список всех рангов:
Для упрощения копирования данных и их проверки, нарисовал поверх схемы цветные плашки. Цвет означает ранг таксона, названия подписаны сверху.
Полная версия [14]
На помощь пришла Лёля Колесникова [15]. Она копирует данные из ПДФ в таблицу на 300 строк. Конечно, хочется автоматизировать процесс, но это затруднительно: некоторые нюансы неочевидны даже при ручном переносе.
Картинки помогают разнообразить однообразное полотно и помогут примерно представить, на что похожи представители таксонов. Зовём в проект иллюстратора. Татьяна Сергеевна [16] берётся за дело.
Обсуждаем референсы:
Выбираем фотогафии и реконструкции типичных представителей, Таня рисует. Некоторая геометричность иллюстраций помогает отвлечься от деталей, которые сильно меняются от вида к виду.
При переносе из ПДФ в данные закрались ошибки. Поэтому, прежде чем показывать схему Станиславу, проверяем сами.
.
Картинки грузятся с http://avatars.adorable.io/ [17]
По ходу работы всплывают интересные проблемы, обсуждаем их со Станиславом.
Например, некоторые таксоны происходят от более поздних. Например, Amphipithecidae → Oligopithecinae → Perupithecus ucayaliensis. Разумеется, это невозможно, просто более ранние представители Amphipithecidae и Oligopithecinae пока не найдены. Решаем искусственно наращивать родительский таксон в прошлое:
Поначалу мы думали, что связи возможны только между «кирпичиками», но потом оказалось, что нужна возможность соединеня любых таксонов: и «кирпичей» и «рамочек». Приходится пока что убрать проблемные связи (от инфраотряда EOSIMIIFORMES)
Иногда всплывают интересности:
→ Сайт проекта [8]
Как считаете, что получилось хорошо, а что плохо? Как бы вы улучшили проект?
Если у вас есть интересные данные, которые надо обработать, визуализировать и показать людям — пишите, будем рады сотрудничеству: ivan@dianov.org, телеграм: @ivan_dianov
Автор: illus0r
Источник [19]
Сайт-источник PVSM.RU: https://www.pvsm.ru
Путь до страницы источника: https://www.pvsm.ru/vizualizatsiya/308911
Ссылки в тексте:
[1] Станислав Дробышевский: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%94%D1%80%D0%BE%D0%B1%D1%8B%D1%88%D0%B5%D0%B2%D1%81%D0%BA%D0%B8%D0%B9,_%D0%A1%D1%82%D0%B0%D0%BD%D0%B8%D1%81%D0%BB%D0%B0%D0%B2_%D0%92%D0%BB%D0%B0%D0%B4%D0%B8%D0%BC%D0%B8%D1%80%D0%BE%D0%B2%D0%B8%D1%87
[2] подробное дерево происхождения приматов: https://vk.com/albums15342645?z=photo15342645_456240746%2Fphotos15342645
[3] Версия в ПДФ: https://github.com/illus0r/primat/files/2671147/2018.10.02-13.33.35.pdf
[4] 1,: https://habrastorage.org/webt/lm/6g/0p/lm6g0p1ty4dr643hdjo_qhxsm8a.png
[5] 2,: https://habrastorage.org/webt/v5/1v/q3/v51vq3eodghe4nubw7is6g0ilc8.png
[6] 3,: https://habrastorage.org/webt/vg/wr/yy/vgwryyc1jfvptjrtihvzqoycuky.png
[7] 4: https://habrastorage.org/webt/ah/1-/xy/ah1-xys61k8rnn_wo3bnenal7yg.png
[8] Сайт проекта: http://primat.dianov.org
[9] отличный проект Глеба Крауклиша: http://human-evolution.net/
[10] кладистику: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9A%D0%BB%D0%B0%D0%B4%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0
[11] монофилию: https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9C%D0%BE%D0%BD%D0%BE%D1%84%D0%B8%D0%BB%D0%B8%D1%8F
[12] хостится: https://www.reg.ru/?rlink=reflink-717
[13] на Github pages: https://github.com/illus0r/primat
[14] Полная версия: https://habrastorage.org/webt/zk/j7/py/zkj7pyof32_epxo-q7xjxmaef5a.png
[15] Лёля Колесникова: https://vk.com/id270035082
[16] Татьяна Сергеевна: https://vk.com/sonya8berg
[17] http://avatars.adorable.io/: http://avatars.adorable.io/
[18] как на таблице у Тафти: https://habrastorage.org/webt/hv/ad/01/hvad01fjec1-db1vffpxqfjdjsg.png
[19] Источник: https://habr.com/ru/post/430324/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=430324
Нажмите здесь для печати.