Скрипт, который упал, вы почините за пять минут. Скрипт, который отработал молча и выдал неправильный ответ, вы не почините никогда, потому что не узнаете, что он сломан.
В работе с FASTA и FASTQ таких мест неприлично много. Почти все они когда‑то были задуманы как удобство.
Вот три, с которыми я сталкивался чаще всего.
Первое. Инструмент пишет FASTQ, а качества у записи нет. Вместо ошибки он подставляет строку из I. Файл получается валидный, парсер доволен, а фильтр по качеству дальше по пайплайну видит идеальные риды и пропускает всё подряд.
Второе.Читать полностью »