Рубрика «биоинформатика»

Может ли биолог починить радио? 20 лет спустя - 1

В 2002 в журнале Cancer Cell вышла весьма саркастическая статья Юрия Лазебника «Может ли биолог починить радиоприемник, или что я понял, изучая апоптоз».

За 20 лет много изменилось. Биологи создали графический язык SBGN (Systems Biology Graphical Notation) для представления структуры биохимических путей и XML формат SBML (Systems Biology Markup Language) для представления математических моделей.

Читать полностью »

 Как подсчитать медведей с помощью термодинамики? Рецепт простой: много фотоловушек, две ложки компьютерного зрения и щеп - 1

▎Привет!


В этой статье я хотел бы рассказать о том, как с помощью разных современных технологий и фишечек можно решить одну из злободневных проблем современной экологической науки – подсчет численности видов.

Сразу предупреждаю, я не айтишник. Я зоолог-эколог. Поэтому, в отличие от других подобных статей про ИИ, нейросети и распознавание образов, в этой взгляд будет с точки зрения эколога и того, как мы понимаем данную проблему. И поскольку я изучаю бурых медведей, то речь, главным образом, пойдет про них.

Читать полностью »

(Ближе к сути - 3 Глава)

Глава 1. Если бы не реальность у меня все было бы хорошо

Читать полностью »

Биоинформатика — это наука или всё же метод? - 1


Про биоинформатику слышали многие. Кто-то знает больше, кто-то меньше. Мы постарались раскрыть вопрос этой, относительно новой, науки. Так сказать, дать общие представления читателю об основных вехах развития, методах и проблемах: решённых и существующих на нынешнее время.Читать полностью »

Автор: нейрофизиолог научно-просветительского проекта Фанерозой, Анастасия Маркова.

Благодарность: искренне благодарим биоинформатика Жукову Алину Александровну (к.б.н., доцент кафедры анатомии и физиологии человека и животных РГПУ им. А.И. Герцена) за дельные советы, проверку статьи и помощь

image

Дисклеймер от мистера ДНК- очевидность

image
Данная статья будет интересна тем, кто хоть как-то знаком с молекулярной биологией и биохимией, а также интересуется возможностью визуализации белков.

Наш мир полон разнообразия: повсюду встречаются различные виды растений и животных — повсюду кишит жизнь. И если так подумать, вспомнить школьные годы, то один из ученых, а именно Фридрих Энгельс когда-то дал свое особенное определение жизни, которое является одним из множества других:

“Жизнь есть способ существования белковых тел, существенным моментом которого является постоянный обмен веществ с окружающей их внешней природой, причем с прекращением этого обмена веществ прекращается и жизнь, что приводит к разложению белка”. Читать полностью »

Computer Science клуб — это открытые лекции по компьютерным наукам в Санкт-Петербургском отделении Математического института РАН. Филиалы CS клуба действуют в Новосибирске и Казани. В связи с эпидемией все лекции осеннего семестра проходили онлайн и были доступны всем желающим вне зависимости от их местонахождения. Видеозаписи этих курсов выложены на сайт клуба и в канал на ютубе.

Читать полностью »

Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 1

Мы продолжаем раскрывать тему биоинформатики как науки из первых рук.

Завтра, 16 ноября, в 20:00 в наших соцсетях выступит Ольга Кунявская, младший научный сотрудник лаборатории «Центр биоинформатики и алгоритмической биотехнологии» СПбГУ.

Оля в науке уже 4 года и сейчас учится на втором курсе магистратуры НИУ ВШЭ Санкт-Петербург по направлению Software Engineering. Закончила Академический университет по направлению биоинформатика.

Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 2Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 3Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 4Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 5

Читать полностью »

Пару дней назад на нашем ютубе выступала Алсу Миссарова, выпускница мехмата МГУ, PhD по системной биологии (functional genomics in yeast) в Universitat Ponepu Fabra в Барселоне. Сейчас Алсу постдок в лабе JOhn Marioni (EBI, Cambridge, UK), занимается single cell RNA-seq and интеграцией со spatial transcriptomics.

Алсу сделала очень краткое введение в то, что такое биоинформатика и чем это отличается от вычислительной биологии. Делимся с вами записью и расшифровкой эфира: мы надеемся, что это вводная к целой серии спикеров, которые занимаются биоинформатикой.


Меня зовут Алсу Миссарова. Меня просили рассказать про биоинформатику – в частности, какие задачи я решаю, какого рода данные я обрабатываю, какого рода задачи есть в вычислительной биологии для технарей, для людей с уклоном в computer science, data analysis и так далее.
Читать полностью »

image

Введение

Меня зовут Александр Садовников, я выпускник корпоративной магистерской программы ИТМО и JetBrains «Разработка программного обеспечения» и по совместительству старший разработчик биоинформатического ПО в департаменте вычислительной биологии компании BIOCAD.

В этом посте я в доступной форме и без чрезмерного жонглирования нудными биоинформатическими терминами опишу один из ключевых этапов создания лекарственного средства — этап предсказания места взаимодействия лекарства с целевой молекулой в организме человека. Данная тема выбрана мной не случайно: в рамках своей дипломной работы я занимался именно этой проблемой.

Понять, как взаимодействуют две молекулы, можно, если предсказать структуру комплекса, который они формируют в природе. Предсказание структуры молекулярного комплекса по-научному называется задачей докинга. Частого использования этого термина я, к сожалению, избежать не смогу. Главная новость заключается в том, что задачу докинга человечество уже умеет с переменным успехом решать с помощью компьютерного моделирования. Это стало возможным, в частности, за счёт использования довольно известных за пределами биоинформатики алгоритмов и математических подходов. На их примере я покажу, как очень частные знания, которые мы получаем на протяжении многих лет учёбы в школе и вузе, оказываются полезными на практике, причём зачастую не самым очевидным образом.

Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js