Рубрика «биоинформатика»

Computer Science клуб — это открытые лекции по компьютерным наукам в Санкт-Петербургском отделении Математического института РАН. Филиалы CS клуба действуют в Новосибирске и Казани. В связи с эпидемией все лекции осеннего семестра проходили онлайн и были доступны всем желающим вне зависимости от их местонахождения. Видеозаписи этих курсов выложены на сайт клуба и в канал на ютубе.

Читать полностью »

Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 1

Мы продолжаем раскрывать тему биоинформатики как науки из первых рук.

Завтра, 16 ноября, в 20:00 в наших соцсетях выступит Ольга Кунявская, младший научный сотрудник лаборатории «Центр биоинформатики и алгоритмической биотехнологии» СПбГУ.

Оля в науке уже 4 года и сейчас учится на втором курсе магистратуры НИУ ВШЭ Санкт-Петербург по направлению Software Engineering. Закончила Академический университет по направлению биоинформатика.

Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 2Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 3Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 4Анонс: три задачи из геномики, которые решают биоинформатики в СПбГУ - 5

Читать полностью »

Пару дней назад на нашем ютубе выступала Алсу Миссарова, выпускница мехмата МГУ, PhD по системной биологии (functional genomics in yeast) в Universitat Ponepu Fabra в Барселоне. Сейчас Алсу постдок в лабе JOhn Marioni (EBI, Cambridge, UK), занимается single cell RNA-seq and интеграцией со spatial transcriptomics.

Алсу сделала очень краткое введение в то, что такое биоинформатика и чем это отличается от вычислительной биологии. Делимся с вами записью и расшифровкой эфира: мы надеемся, что это вводная к целой серии спикеров, которые занимаются биоинформатикой.


Меня зовут Алсу Миссарова. Меня просили рассказать про биоинформатику – в частности, какие задачи я решаю, какого рода данные я обрабатываю, какого рода задачи есть в вычислительной биологии для технарей, для людей с уклоном в computer science, data analysis и так далее.
Читать полностью »

image

Введение

Меня зовут Александр Садовников, я выпускник корпоративной магистерской программы ИТМО и JetBrains «Разработка программного обеспечения» и по совместительству старший разработчик биоинформатического ПО в департаменте вычислительной биологии компании BIOCAD.

В этом посте я в доступной форме и без чрезмерного жонглирования нудными биоинформатическими терминами опишу один из ключевых этапов создания лекарственного средства — этап предсказания места взаимодействия лекарства с целевой молекулой в организме человека. Данная тема выбрана мной не случайно: в рамках своей дипломной работы я занимался именно этой проблемой.

Понять, как взаимодействуют две молекулы, можно, если предсказать структуру комплекса, который они формируют в природе. Предсказание структуры молекулярного комплекса по-научному называется задачей докинга. Частого использования этого термина я, к сожалению, избежать не смогу. Главная новость заключается в том, что задачу докинга человечество уже умеет с переменным успехом решать с помощью компьютерного моделирования. Это стало возможным, в частности, за счёт использования довольно известных за пределами биоинформатики алгоритмов и математических подходов. На их примере я покажу, как очень частные знания, которые мы получаем на протяжении многих лет учёбы в школе и вузе, оказываются полезными на практике, причём зачастую не самым очевидным образом.

Читать полностью »

Летом 2019 года в седьмой раз проходила летняя школа по биоинформатике — недельный образовательный интенсив для ста студентов и недавних выпускников из разных городов и стран, делающих первые шаги в этой области.

Биологи, медики, программисты, математики, физики, химики — самые распространенные специальности участников школы — условно поделились на два потока «биологов» и «информатиков». Лекции и практики были посвящены различным биоинформатическим методам и их применению в медицине и биологии: начиная от эволюции и заканчивая анализом данных секвенирования одиночных клеток и старением.

Ниже мы делимся обзором, видеозаписями и слайдами 15 прошедших лекций. Помеченные звёздочкой «*» можно смотреть без подготовки или с базовыми знаниями.

Приятного просмотра!

Лекции со школы по биоинформатике от А до Я - 1
Читать полностью »

Мы завершаем цикл статей с практическими задачами о том, как использовать данные генетических тестов. Сегодня публикуем правильные ответы и победителей, которые решили все три задачи быстрее остальных.

Правильные ответы и анонс победителя - 1
Читать полностью »

Мы продолжаем цикл задач, где рассказыаем, как работать с генетическими данными. Первую задачу «Узнайте пол и степень родства» уже можно решить и прислать нам ответы. Сегодня публикуем вторую.

Главный приз — Полный геном.

Задача №2. Определение популяционной структуры - 1
Читать полностью »

В предыдущей подробной статье про Полный геном мы обещали опубликовать три задачи и подарить тест тому, кто первым решит все три правильно. Заодно в этих задачах мы даем примеры, как можно работать с генетическими данными. Сегодня публикуем первую.

Задача №1. Узнайте пол и степень родства - 1
Читать полностью »

Атлас запустил новый продукт — Полный геном. Теперь мы можем исследовать не только отдельные точки в геноме, как в генетическом тесте, но и прочитать всю последовательность нуклеотидов генома. В этой статье рассказываем, что это и зачем это нужно.

Внимание! Мы подарим Полный геном одному из наших читателей, кто выполнит все задания. Подробнее — в конце статьи.

Полный геном
Читать полностью »

Биоинформатика — чрезвычайно любопытная область научного знания, так как в ней соединяются задачи, формулируемые в биологических терминах, и методы, привычные для специалистов по алгоритмам, обработке больших данных и машинному обучению. Таким образом, биоинформатика — это один из примеров, когда IT может прийти на помощь при изучении реального мира.

Недавно я побывал в гостях у Михаила Сергеевича Гельфа́нда в Институте проблем передачи информации. Мы поговорили о том, что такое биоинформатика, о её интересных приложениях, о том, чем могут быть полезны IT-специалисты в биоинформатике и что им для этого нужно выучить.

Под катом этой статьи вы найдете полную расшифровку нашего разговора, а видео можно посмотреть на YouTube.

«Это тоже анализ данных». Разговор о биоинформатике с Михаилом Гельфандом - 1

Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js