Рубрика «биоинформатика»

в 11:51, , рубрики: cli, crates.io, fasta, fastq, open source, Rust, биоинформатика, парсинг

Скрипт, который упал, вы почините за пять минут. Скрипт, который отработал молча и выдал неправильный ответ, вы не почините никогда, потому что не узнаете, что он сломан.

В работе с FASTA и FASTQ таких мест неприлично много. Почти все они когда‑то были задуманы как удобство.

Вот три, с которыми я сталкивался чаще всего.

Первое. Инструмент пишет FASTQ, а качества у записи нет. Вместо ошибки он подставляет строку из I. Файл получается валидный, парсер доволен, а фильтр по качеству дальше по пайплайну видит идеальные риды и пропускает всё подряд.

Второе.Читать полностью »

в 15:23, , рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, днк, машинное обучение, нейронные сети, нестандартные вычисления

в 9:07, , рубрики: биоинформатика, биоэтика, генная инженерия, геном, гистон, днк, котики, коты, РНК

Привет! Я Дарья Ярвиц, медицинский журналист, а герой статьи — российский биоинформатик, кандидат биологических наук Богдан Кириллов. Мы записали это интервью в 2024 году и обновили специально для Хабра в 2026. Богдан рассказывает о редактуре ДНК на уровне букв, чем плоха биоэтика и зачем собирать гения в пробирке.

Как становятся биоинформатиками

Я закончил бакалавриат университета ИТМО, направление техническая физика, специальность теплофизика. Какое‑то время занимался радиаторами и системами охлаждения для радиоустройств. В конце третьего курса ради интереса сдал экзамен и поступил в Читать полностью »

в 3:36, , рубрики: Алгоритмы, биоинформатика, Биотехнологии, разработка лекарств, фармацевтика
Визуализация из AlfaFold Server

Визуализация из AlfaFold Server

Читать полностью »

в 7:15, , рубрики: биобанкирование, биоинформатика, геномика, криобиология, криптобиоз, пиявка, сохранение биологических систем, транскриптомика, трансплантология, ЭКО

в 13:43, , рубрики: DIY, безумный ученый, биоинформатика, Биотехнологии, физика

Мы решили применить наш математический аппарат, описывающий нелинейную динамическую среду, к фолдингу белка. В основе метода лежит гипотеза о реологической матрице среды. Мы не подбираем структуру перебором, а вычисляем её как топологический отклик цепочки на физические параметры среды. Полученные в результате расчёта последовательности были загружены в AlfaFold server, Blast и Foldseek Search Server. Поскольку ранее мы не сталкивались с работой в подобных программах, и изыскание было междисциплинарным, на освоение было очень мало времени, около недели, поэтому наши знания и навыки работы в данных средах весьма поверхностны.

Читать полностью »

в 16:15, , рубрики: биоинформатика, биология, генетический код, днк, искусственная жизнь, квайн, Научно-популярное, эволюционные алгоритмы

Зачем я вообще полез в ДНК

Первое — это интерес, как двигатель узнать что-то новое. Это также напрямую связано с развитием ИИ, где я принимаю непосредственное участие.

И второе — если посмотреть, как реальная клетка читает мРНК и собирает белки, это похоже на исполнение байткода:

  • Рибосома движется по мРНК в одном направлении и читает её триплетами — по три нуклеотида за раз. Для программиста это похоже на последовательный разбор потока, где каждый следующий токен имеет фиксированную длину.

  • Старт-кодонЧитать полностью »

в 7:36, , рубрики: адаптация, антропогенез, биоинформатика, биология, генетика, днк, естественный отбор, история человека, неолит, эволюция

Считалось, что культура стала нашим надежным щитом от естественного отбора. Но 15 тысяч древних геномов доказывают обратное: когда мы распахали поля и построили города, наша ДНК включилась в яростную гонку на выживание.

При изменении среды геном реагирует незамедлительно

в 12:05, , рубрики: биоинформатика, биология, Биотехнологии, генетика, иммунные клетки, иммунология, клетки, мутации, секвенирование, щитовидная железа

В основе аутоиммунных заболеваний щитовидной железы лежит поликлональный механизм. Соматические мутации в иммуннорегуляторных локусах ставят под сомнение традиционные подходы к лечению.

Иммунная система постоянно балансирует: она должна уничтожать чужеродные агенты, но при этом не атаковать собственные ткани организма. Иммунная толерантность обеспечивается регуляторными факторами, которые предотвращают активацию лимфоцитов против аутоантигенов.

Читать полностью »

в 5:46, , рубрики: AI, Data Cascades, биоинформатика, ИИ, машинное обучение, научные исследования, нейросеть, обучение нейросетей

Почему в биологических проектах уверенность нейронок часто опережает реальное научное понимание, и какие выводы из этого стоит сделать разработчикам.

Главный триумф AI в биологии - AlphaFold. Проект не возник из ниоткуда, он опирается на Protein Data Bank PDBЧитать полностью »

123...10...18
Главная   |  Архив новостей  |   Android  |   Google  |   Apple  |   Microsoft  |   Информационная безопасность  |   Веб – разработка
Публикации RSS  |  Комментарии RSS
https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js