Рубрика «биоинформатика»

Вы когда-нибудь задумывались, сколько тайн скрыто в миллиардах генетических последовательностей, данных о белках и эпигенетических механизмах? А теперь представьте, как алгоритмы преобразуют этот хаос в логичные и работающие модели.

Не так давно алгоритмы в биоинформатике собирались вручную. Сегодня, благодаря машинному обучению, они адаптируются, обучаясь на предоставленных данных, вычленяют низкоуровневые закономерности и формируют абстрактные представления.

Главные направления биоинформатики

Задачи, которые стоят перед биоинформатикой, можно разделить на три основные категории:

Они называли их сумасшедшими. Шарлатанами. Еретиками, посягнувшими на божественный порядок вещей.

В 2005 году журнал MIT Technology Review предложил $20,000 любому, кто сможет опровергнуть подход британского программиста-самоучки к победе над старением. Премию так никто и не получил. Это стало первым звонком: что-то в мире науки необратимо изменилось.

Сегодня, в 2025 году, компании с суммарным финансированием в $10 миллиардов штурмуют последний рубеж человечества. Смерть больше не судьба. Она стала инженерной проблемой.

Программист, взломавший код старения

Читать полностью »

Глубокое обучение гламурно и ажиотажно. Если обучить трансформер (современную языковую модель) на датасете из 22 миллионов ферментов, а затем использовать его для прогнозирования функции 450 неизвестных ферментов, то можно опубликовать свои результаты Nature Communications (уважаемом научном издании). Вашу статью прочитают 22 тысяч раз и она будет в верхних 5% из всех результатов исследований по оценке Altmetric (рейтингу внимания к онлайн-статьям).

Читать полностью »

Мы нашли некоторые биоинформатические свидетельства того, что фермент липоксигеназа и оксилипиновая сигнализация позволяют бактериям «перепрыгивать» между растениями и человеком. Чтобы подтвердить нашу гипотезу, я провел дата-исследование. Здесь я объясняю, почему я решил оставить эту статью препринтом, не опубликованным официально.

В 2020 году мы с соавторами опубликовали биоинформатическое исследование [1]Читать полностью »

Все знают, что наследственная информация закодирована в ДНК. Но мало кто задумывается о том, как эта информация реализуется внутри нас. Как информация с одних молекул передается на другие? Что качественное и количественное соотношение генов в данный момент может сказать о состоянии нашего организма? Сейчас попробуем разобраться, как считают гены, и что это дает.

Читать полностью »
Как посчитать биологические данные и не уронить сервер и ноутбук? - 1

Привет, Хабр


Наверняка вы слышали о биоинформатике. Звучит перспективно, приятно и полезно. Часто, ввиду всеобщих рассказов о перспективности и возможностях направления, некоторые люди из IT или из «мокрой» биологии (так называют область биологии, где работают в лаборатории с бактериями и прочими возможными объектами живой и не очень природы и реагентами) хотят перейти в биоинформатику. Однако далеко не все понимают, что же это за область такая и почему с ней сложно работать.Читать полностью »

Итак, дорогие читатели! Сейчас я обучаюсь на 4 курсе (бакалавр) на программиста (направление: Информатика и вычислительная техника) в семестре столкнулся с очень интересным исследовательским проектом, связанным с биоинформатикой! Вместе с заказчиком мы ему дали научное название: "Снижение рисков развития рецидива злокачественного новообразования" и отправляем в долгое плавание!

Читать полностью »

Давайте представим, что вы начинающий или опытный биоинформатик, или "простой смертный", который хочет углубиться в анализ биологических данных. Спойлер: биоинформатики тоже смертные! Зачастую, не у каждого хватает ценного времени на проверку огромных последовательностей геномных данных, будь то поиск различных мутаций или прогнозирование структуры белков на основе последовательности аминокислот.

Но не переживайте, в этом вам поможет искусственный интеллектЧитать полностью »

В современном мире каждый из нас сталкивается с генетикой, будь то медицинские анализы, CRISPR-дизайн или изучение наследственных признаков. Но что, если мы могли бы заглянуть глубже, понять тайные механизмы генов и даже создать новые последовательности ДНК, пригодные для науки и медицины? Это больше не фантазия, а реальность благодаря Evo — искусственной нейросети, которая переосмысливает подходы к анализу и проектированию геномов.

Что такое Evo?

Читать полностью »

Мир биоинформатики полон загадок: что такое избыточная ДНК, почему она занимает половину генома, и как это вообще работает? Кому-то может показаться, что некодирующая ДНК — это просто лишний "хлам", но на деле это, как если бы в вашем коде было полно комментариев, которые точно знают, как заставить ваш Python работать быстрее.

Сегодня мы с вами разберёмся, как эта загадочная избыточная ДНК умудряется контролировать экспрессию генов, совершенно ничего не транскрибируя. А чтобы вы не скучали, покажу примерчик на Python. Ведь кто же мы без кода?

Избыточная ДНК: что это такое?

Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js