Рубрика «биоинформатика» - 16

Предыстория

Сразу извиняюсь за сложность, но сложна как сама ситуация для применения этого, так и способ решения, но получается в результате красиво и эффективно :)

Началось с того, что описал одну проблемку о проблемах ООП. Потом случайно благодаря разговорам тут начал обдумывать паттерны проектирования. И в связи с темой «полное копирование объекта» вышел на паттерн Flyweight. Кто не знает — прошу вначале читайте о нем в Приемы объектно-ориентированного проектирования. Паттерны проектирования (Не в вики, а в оригинале).

Основная идея там такова:

Паттерн Flyweight описывает, как совместно разделять очень мелкие объекты без чрезмерно высоких издержек. Каждый объект-приспособленец имеет две части: внутреннее и внешнее состояния. Внутреннее состояние хранится (разделяется) в приспособленце и состоит из информации, не зависящей от его контекста. Внешнее состояние хранится или вычисляется объектами-клиентами и передается приспособленцу при вызове его методов.

Задача

Мы рассмотрим как это улучшить на конкретном примере. О биовычислениях буду говорить очень мало — но пример будет построен на этом. Суть биовычислений попытаюсь полностью вытравить, оставив только схему.

P.S. Если кому то интересна проблематика самих биовычислений по задаче сворачивания РНК/белков — делайте заказ напишу тогда отдельную статью.

Читать полностью »

Учебный процесс в IT / Магистерские программы Санкт Петербургского Академического университета (бывший АФТУ РАН)
Повсеместный переход на Болонскую систему даёт студентам возможность сменить ВУЗ после получения диплома бакалавра. Однако немногие студенты задумываются об этом. Во многих ВУЗах магистерская программа очень «разрежена»: присутствует множество непрофильных курсов (философия, культурология и т.д.), профильных же очень мало, и для того, чтобы их сдать, достаточно просто появиться на экзамене/зачёте.
Тех, кто ещё сохранил желание учиться, кафедра математических и информационных технологий Академического университета приглашает в магистратуру по тремЧитать полностью »

Биоинформатика / Алгоритмы в биоинформатике ч.1
    В предыдущих статьях (1,2) мы познакомились с тем, как могут выглядеть данные в зависимости от проведенного биологического эксперимента. На основании этих визуализированных данных были сделаны предположения о том, что же происходит внутри клетки. Теперь остановимся на том, как математически и алгоритмически проанализировать данные для того, чтобы машины за нас могли выполнить рутинную работу. К сожалению, после прочтения множества статей по анализу данных у меня сложилось впечатление, что однозначного или наиболее универсального решения не существует. Есть алгоритмы, которые хорошо себя показывают на некотором наборе данных, а вЧитать полностью »

Биоинформатика / Практическая биоинформатика ч.5. Секвенирование ДНК
    В стремлении рассказать о самом сложном, как можно быстрее, очевидно, забываешь о самом простом. И, в моем случае, не только о простом, но и о важном связывающем звене. Причинно-следственная связь слегка нарушилась. В моих предыдущих статьях (1, 2, 3, 4) описаны математический аспект и программирование, но в них практически нет биологии. Поэтому эта статья о том, какую именно часть молекулярной биологии пытаются раскрыть, предсказать, увидеть и решить описываемые мною программы и алгоритмы.
    Картинка с изображением яйцеклетки и сперматозоидов на поверхности символизирует пропущенный мною этап, когда все только зарождается.Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js