Рубрика «секвенирование»

в 6:55, , рубрики: A-тейлинг, MinION, MinKNOW, геном, днк, лигирование, проточная ячейка, секвенирование, спин-колонка

Перед вами перевод статьи о том, как прочитать свою ДНК дома. Автор разбирает бюджетный протокол MinION, типичные ошибки и мотивы эксперимента. Дальше слово автору.

Это руководство для инициативных и смелых энтузиастов, которые хотят узнать больше о своей биологии. Я расскажу, как секвенировал (читал) свой геном на кухонном столе: что для этого понадобилось, в чём смысл каждого из ключевых шагов и во сколько всё это в конечном итоге обошлось.

Стоимость одного прогона: ~$1100 (проточная ячейка + реагенты).

Работа руками: ~4 часа. Всего потрачено: ~72 часа.

Содержание:

в 12:05, , рубрики: биоинформатика, биология, Биотехнологии, генетика, иммунные клетки, иммунология, клетки, мутации, секвенирование, щитовидная железа

В основе аутоиммунных заболеваний щитовидной железы лежит поликлональный механизм. Соматические мутации в иммуннорегуляторных локусах ставят под сомнение традиционные подходы к лечению.

Иммунная система постоянно балансирует: она должна уничтожать чужеродные агенты, но при этом не атаковать собственные ткани организма. Иммунная толерантность обеспечивается регуляторными факторами, которые предотвращают активацию лимфоцитов против аутоантигенов.

Читать полностью »

в 7:33, , рубрики: днк, мамонтенок юка, мамонты клёвые, палеогенетика, РНК, секвенирование

в 13:20, , рубрики: биохимия организма, геном, медицина, секвенирование

До чего дошел прогресс – до невиданных чудес… И одним из таких чудес, безусловно, является возможность читать «книгу жизни» посредством секвенирования нуклеиновых кислот, или, проще говоря, расшифровке их нуклеотидных последовательностей.

Технологии секвенирования, изображение №1

Читать полностью »

в 16:59, , рубрики: diy или сделай сам, DIY-bio, MinION, NGS, Биотехнологии, днк, Медгаджеты, Научно-популярное, реверс-инжиниринг, секвенирование

Перед чтением этого апгрейда желательно ознакомиться с опубликованным ранее исходником.

Самый первый и самый популярный на сегодняшний день нанопоровый секвенатор MinION (минимальный комплект в UK — $1000, в России – 150 тыс. руб.), разработанный компанией Oxford Nanopore Technologies (ONT), работает на одноразовых ячейках, каждая из которых стоит $900 (в России – 135 тыс. руб.). Такие ячейки позволяют за 2…3 дня оцифровать ДНК длиной 10…20 Gb. Этого слишком мало для секвенирования генома человека (нужно >100 Gb), но слишком много для всех прочих клинико-диагностических целей (достаточно <1 Gb).
Недавно стартовали продажи более производительных (и более дорогих) моделей – PromethION 24/48 ($165 000/$285 000), нацеленных преимущественно на поточное полногеномное секвенирование. Дороже стоят и их более производительные расходные ячейки ($2 000/шт., >100 Gb). Правда, оптом они могут стоить дешевле ($1 800 000 за 720 шт., $625/шт.), но для российского бюджета подобные приобретения (200…250 млн. руб. за партию) непозволительны. Да и не только для российского. Поэтому наибольшее внимание посетителей недавней (22-24 мая) конференции компании ONT привлекло сообщение о начале продаж Flongle — адапторной вставки к секвенатору MinION, позволяющей работать с менее производительными (~1 Gb), но сравнительно дешёвыми ($90) одноразовыми ячейками.

Задачи отечественного секвенаторостроения (июнь, 2019 г.) - 1

https://nanoporetech.com/products

Появление Flongle способно вызвать взрывной рост применения NGS (next generation sequencing) в клинической практике и потеснить обычную ПЦР-диагностику, объём рынка которой в России превышает миллиард рублей, а в мире измеряется миллиардами долларов. Но для большинства российских пациентов NGS-диагностика по-прежнему останется непозволительной роскошью, поскольку стоимость ячеек к Flongle на отечественном рынке будет выше 10 тысяч рублей. А если к ней добавить стоимость расходных реагентов, транспортные издержки и накладные расходы, то расчётная цена секвенирования одной пробы ДНК/РНК не опустится ниже 20 тысяч рублей.
Отсюда следует необходимость разработки отечественных нанопоровых секвенаторов и их обеспечения дешёвыми расходными материалами и реагентами.
Читать полностью »

в 12:00, , рубрики: GEDMatch, MyHeritage, базы данных, Биотехнологии, геном, днк, информационная безопасность, расшифровка генома, секвенирование
Взломщики генома продемонстрировали, что ни одна ДНК уже не будет анонимной - 1

В 2013 году молодой специалист по вычислительной биологии, Янив Эрлих, шокировал исследовательское сообщество, показав, как можно раскрыть личности людей, перечисленных в анонимной генетической базе данных, используя только соединение с интернетом. Регуляторы отреагировали на это, ограничив доступ к наборам анонимных биомедицинских генетических данных. Представитель Национальных институтов здоровья сообщил тогда: «Шансы на то, что это случится, для большинства людей малы, хотя и не нулевые».

Перенесёмся через пять лет, и мы обнаружим, что количество информации о ДНК, хранящейся в цифровых базах, увеличился взрывообразно, и этот рост не собирается замедляться. Потребительские компании вроде 23andMe и Ancestry составили генетические профили на более 12 млн людей, согласно недавним оценкам. Пользователи, скачавшие свою информацию, могут по желанию добавить её на публичные генеалогические сайты, например, GEDmatch, приобретший в этом году дурную славу благодаря своей роли в наводке полиции на подозреваемого в деле «убийцы Золотого штата».
Читать полностью »

в 9:06, , рубрики: diy или сделай сам, DIY-bio, MinION, NGS, WGS, Биотехнологии, днк, Медгаджеты, Научно-популярное, Производство и разработка электроники, реверс-инжиниринг, секвенирование

Ещё недавно, в 2016 году, бесспорное лидерство на рынке геномного секвенирования принадлежало США. Точнее – американской компании Illumina, разработавшей модельный ряд флуоресцентных секвенаторов.

Задачи отечественного секвенаторостроения - 1

Рис. 1. Флуоресцентные секвенаторы компании Illumina
(Illumina Investor Presentation, August 18, 2017)

Совершенствование этих приборов и используемой ими флуоресцентной технологии позволило к середине 2016 года уменьшить стоимость секвенирования генома человека до $1000.
Второе место в 2016 году занимала американская компания Thermo Fisher Scientific, развивающая полупроводниковую технологию секвенирования ДНК. Их секвенатор Ion S5, несмотря на сравнительно скромную производительность (до 12 Gb), вполне достойно конкурировал с настольными секвенаторами компании Illumina в нише таргетного (клинического) секвенирования.

Читать полностью »

в 18:50, , рубрики: complexity science, Hbase, natural language processing, text mining, transfer learning, антибиотики, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Блог компании Яндекс, геном, геномика, гены, Исследования и прогнозы в IT, калории, микробиология, секвенирование, секвенирование генома

Мы часто говорим о задачах, которые лежат на стыке той или иной классической науки и анализа данных. В сегодняшнем докладе эта идеология представлена воочию — большую часть доклада читает учёный, а о конкретных методах и инструментах рассказывает программист.

Под катом — расшифровка и основная часть слайдов.

Читать полностью »

в 20:23, , рубрики: Биотехнологии, днк, история любви, секвенирование, Читальный зал

Анализ ДНК поможет раскрыть 322-летнее убийство - 1

После того, как ученые научились проводить секвенирование ДНК, этим активно стали пользоваться правоохранительные органы. Не один десяток тысяч преступлений раскрыт только благодаря тому, что злоумышленник оставил на месте преступления образец ДНК. Раньше приходилось возиться с анализом групп крови. Это далеко не самый точный и надёжный метод установки личности преступника. Но правоохранители использовали и другие не слишком надежные и простые методы доказательства причастности человека к преступлению.

А сейчас специалисты раскрывают даже «висяки», которым многие десятки или даже сотни лет. Благодаря тестам ДНК из тюрем выходят неправомерно осуждённые люди. Один из наиболее приметных случаев происходит сейчас — ученые пытаются раскрыть преступление, которое было совершено 322 года назад. Излишним будет говорить, что давно умерли не только участники действа и возможные свидетели, но и несколько поколений их потомков. Правда, само преступление было все же слишком значительным, чтобы о нем забыли.
Читать полностью »

в 20:01, , рубрики: illumina, биоинформатика, биология, Биотехнологии, Научно-популярное, секвенирование

Секвенирование ДНК в последние десятилетия из узкой области, которой занималось небольшое число ученых, превратилось в одну из самых стремительно развивающихся технологий. Фактически, стоимость секвенирования падает даже быстрее, чем, если бы она следовала закону Мура, и, из-за большой конкуренции на рынке и огромного спроса, развитие и дальше будет идти высокими темпами. Кроме того, развитие секвенирования привело к такому же буму в биоинформатике и коренным образом изменило биологию, и, постепенно, также основательно меняет медицину.

Как секвенируют ДНК - 1

По катом я подробнее рассматриваю, как это делают.
Читать полностью »

12
Главная   |  Архив новостей  |   Android  |   Google  |   Apple  |   Microsoft  |   Информационная безопасность  |   Веб – разработка
Публикации RSS  |  Комментарии RSS
https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js