Мы завершаем цикл статей с практическими задачами о том, как использовать данные генетических тестов. Сегодня публикуем правильные ответы и победителей, которые решили все три задачи быстрее остальных.
Рубрика «биоинформатические алгоритмы»
Правильные ответы и анонс победителя
2019-12-27 в 12:50, admin, рубрики: big data, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Биотехнологии, Блог компании «Атлас», генетика, генетический анализ, генетический код, генетический тест, днк, Здоровье гика
Задача №1. Узнайте пол и степень родства
2019-12-18 в 12:38, admin, рубрики: анализ данных, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Биотехнологии, Блог компании «Атлас», генетика, генетика человека, гены, задачи для программистов, Здоровье гика, Научно-популярноеВ предыдущей подробной статье про Полный геном мы обещали опубликовать три задачи и подарить тест тому, кто первым решит все три правильно. Заодно в этих задачах мы даем примеры, как можно работать с генетическими данными. Сегодня публикуем первую.
О разрешимости beltway проблемы в полиномиальное время
2018-10-25 в 15:03, admin, рубрики: beltway & turnpike problems, Алгоритмы, биоинформатические алгоритмы, масс-спектрометрияС beltway проблемой студенты знакомятся, проходя курсы биоинформатики, в частности, один из наиболее качественных и наиболее близкий по духу для программистов — курс Bioinformatics (Павла Певзнера) на coursera от University of California San Diego. Проблема привлекает внимание простотой постановки, практической важностью, ну и тем, что она до сих пор считается нерешенной при кажущейся возможностью решить ее простым кодированием. Проблема ставится таким образом. Возможно ли в полиномиальное время восстановить координаты множества точек $inline$X$inline$, если известно множество всех парных расстояний между ними $inline$Delta X$inline$?
Эта с виду простая задача до сих пор находится в списке нерешенных проблем вычислительной геометрии. Причем ситуация даже не касается точек в многомерных пространствах, тем более искривленных, проблемой является уже самый простой вариант — когда все точки имеют целочисленные координаты и локализованы на одной линии.
Читать полностью »
Технологии больших данных в работе с бактериями микробиоты. Лекция в Яндексе
2017-06-18 в 18:50, admin, рубрики: complexity science, Hbase, natural language processing, text mining, transfer learning, антибиотики, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Блог компании Яндекс, геном, геномика, гены, Исследования и прогнозы в IT, калории, микробиология, секвенирование, секвенирование геномаМы часто говорим о задачах, которые лежат на стыке той или иной классической науки и анализа данных. В сегодняшнем докладе эта идеология представлена воочию — большую часть доклада читает учёный, а о конкретных методах и инструментах рассказывает программист.
Под катом — расшифровка и основная часть слайдов.
Алгоритмические задачи в биоинформатике. Лекция в Яндексе
2017-05-14 в 11:08, admin, рубрики: overlay, Алгоритмы, белки, биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, биология, Блог компании Яндекс, выравнивание, геном, генотип, генотипирование, графы, днк, машинное обучение, нуклеотид, расшифровка днк, сборка геномаМы уже несколько раз упоминали серию мероприятий Data & Science, где специалисты по анализу данных и учёные рассказывают друг другу о своих задачах и ищут способы для взаимодействия. Одна из встреч была посвящена биоинформатике. Это отличный пример отрасли, где есть масса ещё не решённых задач для разработчиков.
Под катом вы найдёте расшифровку лекции Игната Колесниченко — выпускника мехмата МГУ и Школы анализа данных. Сейчас Игнат работает ведущим разработчиком службы технологий распределённых вычислений Яндекса.
3D моделирование формы лица по генам человека
2014-08-21 в 13:32, admin, рубрики: биоинформатика, биоинформатические алгоритмы, Биотехнологии, генетика, геномика, персональная генетика
Привет! Мы — биотех-стартап «Мой ген». Мы хотим принести в Россию дивный новый мир персональной генетики. В нашем блоге мы планируем размещать последние новости в этой области, представлять интересные научные статьи по биоинформатике, и наверное даже расскажем однажды, каково это — быть биостартапом в нашей стране. Надеемся, что уже скоро в нашу жизнь войдут концепции «облачная лаборатория» и «генетика вещей» (puns intended), и будем этому всячески способствовать своими усилиями.
Читать полностью »