Рубрика «биоинформатические алгоритмы»

Мы завершаем цикл статей с практическими задачами о том, как использовать данные генетических тестов. Сегодня публикуем правильные ответы и победителей, которые решили все три задачи быстрее остальных.

Правильные ответы и анонс победителя - 1
Читать полностью »

В предыдущей подробной статье про Полный геном мы обещали опубликовать три задачи и подарить тест тому, кто первым решит все три правильно. Заодно в этих задачах мы даем примеры, как можно работать с генетическими данными. Сегодня публикуем первую.

Задача №1. Узнайте пол и степень родства - 1
Читать полностью »

С beltway проблемой студенты знакомятся, проходя курсы биоинформатики, в частности, один из наиболее качественных и наиболее близкий по духу для программистов — курс Bioinformatics (Павла Певзнера) на coursera от University of California San Diego. Проблема привлекает внимание простотой постановки, практической важностью, ну и тем, что она до сих пор считается нерешенной при кажущейся возможностью решить ее простым кодированием. Проблема ставится таким образом. Возможно ли в полиномиальное время восстановить координаты множества точек $inline$X$inline$, если известно множество всех парных расстояний между ними $inline$Delta X$inline$?

Эта с виду простая задача до сих пор находится в списке нерешенных проблем вычислительной геометрии. Причем ситуация даже не касается точек в многомерных пространствах, тем более искривленных, проблемой является уже самый простой вариант — когда все точки имеют целочисленные координаты и локализованы на одной линии.
Читать полностью »

Мы часто говорим о задачах, которые лежат на стыке той или иной классической науки и анализа данных. В сегодняшнем докладе эта идеология представлена воочию — большую часть доклада читает учёный, а о конкретных методах и инструментах рассказывает программист.

Под катом — расшифровка и основная часть слайдов.

Читать полностью »

Мы уже несколько раз упоминали серию мероприятий Data & Science, где специалисты по анализу данных и учёные рассказывают друг другу о своих задачах и ищут способы для взаимодействия. Одна из встреч была посвящена биоинформатике. Это отличный пример отрасли, где есть масса ещё не решённых задач для разработчиков.

Алгоритмические задачи в биоинформатике. Лекция в Яндексе - 1

Под катом вы найдёте расшифровку лекции Игната Колесниченко — выпускника мехмата МГУ и Школы анализа данных. Сейчас Игнат работает ведущим разработчиком службы технологий распределённых вычислений Яндекса.

Читать полностью »

Привет! Мы — биотех-стартап «Мой ген». Мы хотим принести в Россию дивный новый мир персональной генетики. В нашем блоге мы планируем размещать последние новости в этой области, представлять интересные научные статьи по биоинформатике, и наверное даже расскажем однажды, каково это — быть биостартапом в нашей стране. Надеемся, что уже скоро в нашу жизнь войдут концепции «облачная лаборатория» и «генетика вещей» (puns intended), и будем этому всячески способствовать своими усилиями.
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js