Рубрика «днк»

Клеткам эмбрионов нужно пробраться по «ландшафту развития» к своей судьбе. Новые открытия касаются того, как у них получается делать это настолько эффективно

Математика, сообщающая клеткам, какими они должны быть - 1

В 1891 году, когда немецкий биолог Ханс Дриш разделил двухклеточный эмбрион морского ежа пополам, он обнаружил, что каждая из разделённых клеток в итоге выросла в полноценную, хотя и меньшую по размеру, личинку. Половинки каким-то образом «знали», как поменять программу развития: судя по всему, на этом этапе полные чертежи их развития ещё не были нарисованы (по крайней мере, не чернилами).

С тех пор учёные пытаются понять, как создаётся такой чертёж и насколько он детален. (Сам Дриш, раздосадованный тем, что не может найти ответ на этот вопрос, в отчаянии всплеснул руками и вообще перестал работать в этой области). Сейчас известно, что некая позиционная информация заставляет гены включаться и выключаться по всему эмбриону, и задаёт определённые роли клеткам на основании их местоположения. Однако кажется, что сигналы, переносящие эту информацию, колеблются сильно и хаотично – совсем не так, как можно было ожидать от важных инструкций.
Читать полностью »

«Hello»! Первое в мире автоматическое хранилище данных в молекулах ДНК - 1

Исследователи из Microsoft и Вашингтонского университета продемонстрировали первую полностью автоматизированную систему хранения данных в искусственно созданной ДНК с возможностью считывания. Это ключевой шаг на пути к переносу новой технологии из исследовательских лабораторий в коммерческие центры обработки данных.

Разработчики подтвердили концепцию с помощью простого теста: успешно закодировали слово «hello» во фрагментах синтетической молекулы ДНК и преобразовали его обратно в цифровые данные, используя полностью автоматизированную сквозную систему, которая описана в статье, опубликованной 21 марта в Nature Scientific Reports.

Читать полностью »

ДНК-хранилища пока не готовы выйти в массы, но некоторые эксперты считают, что ситуация изменится уже в ближайшее время. Все больше компаний начинает заниматься этом вопросом.

Обсуждение: станут ли ДНК-хранилища массовыми - 1Читать полностью »

Мы такого не ожидали: ежегодное открытое письмо от Билла и Мелинды Гейтс - 1

Как бы вы описали 2018 год? Оказался ли он таким, каким вы его ждали?

Мы бы ответили на этот вопрос скорее отрицательно. Начиная с особенно разрушительных природных катаклизмов и заканчивая рекордным количеством женщин, идущих на выборы, 2018 год оказался полным сюрпризов. Оглядываясь назад, мы оцениваем мир совсем не так, как видели его в прогнозах пару лет назад.

Преимущество неожиданностей состоит в том, что они часто могут служить призывом к действию. Людей может беспокоить тот факт, что реальность не совпала с их ожиданиями. Некоторые неожиданности помогают людям понять, что существующий порядок вещей необходимо менять. Некоторые сюрпризы подчёркивают тот факт, что преобразования уже начались.

Двадцать пять лет назад мы прочли статью, где было написано, что сотни тысяч детей в бедных странных умирают от диареи. Эта неожиданность помогла оформить наш взгляд на реальные ценности. Мы верим в мир, где инновации доступны всем, где дети не умирают от болезней, которые можно излечить. Но мы увидели мир, всё ещё зависящий от неравенства.
Читать полностью »

Главный генетик популярной компании по поиску предков признал, что это «частью наука, частью искусство»

Близнецы получили «загадочные» результаты, проверив 5 сервисов поиска предков по ДНК - 1

Один набор однояйцевых близнецов, и два разных профиля для предков. По крайней мере, так следует из результатов работы одной из крупнейших компаний, разыскивающей предков через ДНК.

Прошлой весной Чарлзи Агро и её сестра-близнец Карли купили себе наборы для проверки ДНК от AncestryDNA, MyHeritage, 23andMe, FamilyTreeDNA и Living DNA, и по отдельности отправили образцы своей ДНК в каждую из компаний на анализ. И, несмотря на то, что их ДНК практически одинаковы, они не получили сходных результатов ни от одной из них.

В большинстве случаев одна и та же компания отслеживала предков близнецов до одинаковых частей света – с разной вероятностью. Но результаты от 23andMe дают понять, что у каждой из близняшек в родословной был неожиданный поворот. Если верить им, наследственность у Чарлзи на 10% менее «общеевропейская», чем у Карли. Также у неё есть предки из Франции и Германии (2,6%), которых нет у её сестры.
Читать полностью »

PERDIX: алгоритм автоматического проектирования ДНК-оригами разной геометрии - 1

Кто не любил в детстве собирать конструкторы? Я до сих пор помню эту красную коробочку с кучей металлических деталей, инструментов и морем возможных результатов лишь бы была фантазия, время и желание. LEGO тоже не стоит забывать, хоть тут все было чуть проще и гораздо красочнее. Но вот что сложнее и того и другого так это конструкторы наноструктур на базе ДНК-оригами. До сих пор все «детальки» подобных конструкций моделировались вручную, что занимало уйму времени и сил. Представьте, что все детали LEGO вам нужно создавать самому, прежде чем собрать их в гигантского робота с лазерами, реактивными двигателями и пулеметом на плече. Но что-то детские воспоминания увели нас не в ту степь.

Шутки в сторону. Сегодня мы с вами познакомимся с алгоритмом, позволяющим автоматически создавать ДНК-оригами достаточно разнообразной формы. Ранее изменение формы нитей ДНК до необходимой выполнялось вручную, что сильно ограничивало возможности подобной процедуры. Данный же алгоритм позволяет создавать детали ДНК конструктора автоматически, что позволяет в дальнейшем использовать их для формирования двумерных и трехмерных наноструктур. Плюс этот алгоритм доступен всем желающим. Доклад исследовательской группы поможет нам разобраться что и как работает. Поехали.Читать полностью »

Будущее борьбы с преступностью заключается в изучении родословных деревьев - 1
Бывший сотрудник полиции Джозеф Джеймс Дианджело, обвинённый в том, что он был "Убийцей Золотого штата", в зале суда в Сакраменто, шт. Калифорния, 29 мая 2018 года, в момент, когда судья принимает решение о том, сколько информации, связанной с его арестом, можно придать общественности. Дианджело подозревают, по меньшей мере, в дюжине убийств и примерно в 50 случаях изнасилований, произошедших в 1970-х и 80-х.

В апреле Барбара Рай-Вентер, учёный, не являющаяся штатным криминалистом, использовала малоизвестный сайт GEDMatch, чтобы помочь следователям найти человека, разыскиваемого почти 40 лет: «убийцу Золотого штата». В последующие несколько месяцев органы правопорядка США ухватились за данную технологию и сумели арестовать целую толпу из более чем 20 человек, связанных с наиболее ужасными «висяками» за последние пять десятилетий. Генетическая генеалогия перестаёт быть аномалией судебной медицины и быстро становится рутинной процедурой. По меньшей мере, одна компания уже предлагает полный спектр услуг по генетической генеалогии для клиентов из правоохранительных органов. А опыт Рай-Вентер так высоко ценится, что она уже начала обучать своим секретам крупнейшие правоохранительные организации США, включая ФБР.
Читать полностью »

Крестики-нолики: демонстрация управляемого процесса реконфигурации ДНК структур - 1

Ученые провели партию в крестики-нолики с помощью ДНК. Звучит забавно, но это лишь верхушка айсберга притрушенная легким юмором от самих ученых. На самом же деле сегодняшнее исследование раскрывает новые методики контроля кинетики взаимодействия ДНК-наноструктур, которые в совокупности смогут выполнять сложные задачи. Использование ДНК как основных деталей системы — задача не из простых, но это не останавливает ученых, чьи умы полны идей, а сердца энтузиазма. И так, как же им удалось перемещать ДНК-блоки по заданному паттерну, что показало исследование и какие перспективы данной методики в будущем? За ответами обратимся к докладу исследовательской группы. Поехали.Читать полностью »

Ученый из Китая заявил о рождении генетически модифицированных детей - 1

Сегодня появилась интересная новость — китайский ученый Цзянькуй Хэ заявил о появлении на свет первых в мире детей с модифицированным геномом. Ученый утверждает, что изменил геном эмбрионов таким образом, чтобы сделать организм будущих людей устойчивым к ВИЧ. Заявление ученый сделал в эксклюзивном интервью новостному агентству Associated Press.

К сожалению, пока что нет подтверждения этой информации, более того, ученый не выпустил ни одной публикации с объяснением и изложением своего эксперимента. В том, что геном человека может быть отредактирован, никто не сомневается, ведь опыты такого рода проводились ранее, проводятся они и сейчас.
Читать полностью »

Взломщики генома продемонстрировали, что ни одна ДНК уже не будет анонимной - 1

В 2013 году молодой специалист по вычислительной биологии, Янив Эрлих, шокировал исследовательское сообщество, показав, как можно раскрыть личности людей, перечисленных в анонимной генетической базе данных, используя только соединение с интернетом. Регуляторы отреагировали на это, ограничив доступ к наборам анонимных биомедицинских генетических данных. Представитель Национальных институтов здоровья сообщил тогда: «Шансы на то, что это случится, для большинства людей малы, хотя и не нулевые».

Перенесёмся через пять лет, и мы обнаружим, что количество информации о ДНК, хранящейся в цифровых базах, увеличился взрывообразно, и этот рост не собирается замедляться. Потребительские компании вроде 23andMe и Ancestry составили генетические профили на более 12 млн людей, согласно недавним оценкам. Пользователи, скачавшие свою информацию, могут по желанию добавить её на публичные генеалогические сайты, например, GEDmatch, приобретший в этом году дурную славу благодаря своей роли в наводке полиции на подозреваемого в деле «убийцы Золотого штата».
Читать полностью »