Рубрика «днк» - 3

Что расскажет «жвачка» возрастом 5700 лет о человеке, который ее жевал? - 1

В детективных сериалах и фильмах, где криминалисты играют главную роль двигателя сюжета, частенько можно встретить, как по окурку от сигареты или по жвачке, прилепленной к столу, успешно определялся человек, оставивший эти следы. В реальной же жизни из жвачки, побывавшей во рту человека, также можно о нем много узнать. Сегодня мы с вами рассмотрим исследование, в котором ученые из Копенгагенского университета обнаружили во время раскопок «жвачку», возраст которой составляет примерно 5700 лет. Какую информацию о человеке смогли получить ученые из своей находки, о ком еще смогла рассказать древняя жвачка и как данное исследование может повлиять на борьбу с различными заболеваниями в будущем? Ответы на эти вопросы ждут нас в докладе ученых. Поехали.Читать полностью »

Атлас запустил новый продукт — Полный геном. Теперь мы можем исследовать не только отдельные точки в геноме, как в генетическом тесте, но и прочитать всю последовательность нуклеотидов генома. В этой статье рассказываем, что это и зачем это нужно.

Внимание! Мы подарим Полный геном одному из наших читателей, кто выполнит все задания. Подробнее — в конце статьи.

Полный геном
Читать полностью »

CRISPR дает возможность избавить человека от боли - 1

В течение нескольких лет CRISPR верой и правдой служит генетикам, которые при помощи этой технологии смогли достичь новых высот в редактировании генома животных и изучении ДНК человека. Сейчас ученые разрабатывают новую технологию, которая, по всей видимости, сможет отключать боль у тех, кто в этом нуждается.

Люди, которые не чувствуют боли, встречаются очень редко, о них было известно задолго до наступления XXI века. Как выяснилось, у них есть определенная мутация, которая блокирует ген, отвечающий за боль. В частности, такой ген отсутствовал у бродячего артиста из Пакистана — мальчика, выступавшего на улицах с удивительными номерами. Он вонзал ножи в свои ладони и ходил по раскаленным углям без малейших признаков боли.
Читать полностью »

Умер нобелевский лауреат Кэри Муллис — изобретатель полимеразной цепной реакции ДНК - 1 В Калифорнии в возрасте 74 лет умер американский нобелевский лауреат по химии Кэри Муллис. По словам его супруги, смерть наступила 7 августа. Причина — сердечная и дыхательная недостаточность из-за пневмонии.

О том, какой вклад он внес в биохимию и за что получил Нобелевскую премию, нам расскажет сам Джеймс Уотсон — первооткрыватель молекулы ДНК.

Отрывок из книги Джеймса Уотсона, Эндрю Берри, Кевина Дэвиса

ДНК. История генетической революции

Глава 7. Геном человека. Сценарий жизни

Читать полностью »

Перед чтением этого апгрейда желательно ознакомиться с опубликованным ранее исходником.

Самый первый и самый популярный на сегодняшний день нанопоровый секвенатор MinION (минимальный комплект в UK — $1000, в России – 150 тыс. руб.), разработанный компанией Oxford Nanopore Technologies (ONT), работает на одноразовых ячейках, каждая из которых стоит $900 (в России – 135 тыс. руб.). Такие ячейки позволяют за 2…3 дня оцифровать ДНК длиной 10…20 Gb. Этого слишком мало для секвенирования генома человека (нужно >100 Gb), но слишком много для всех прочих клинико-диагностических целей (достаточно <1 Gb).
Недавно стартовали продажи более производительных (и более дорогих) моделей – PromethION 24/48 ($165 000/$285 000), нацеленных преимущественно на поточное полногеномное секвенирование. Дороже стоят и их более производительные расходные ячейки ($2 000/шт., >100 Gb). Правда, оптом они могут стоить дешевле ($1 800 000 за 720 шт., $625/шт.), но для российского бюджета подобные приобретения (200…250 млн. руб. за партию) непозволительны. Да и не только для российского. Поэтому наибольшее внимание посетителей недавней (22-24 мая) конференции компании ONT привлекло сообщение о начале продаж Flongle — адапторной вставки к секвенатору MinION, позволяющей работать с менее производительными (~1 Gb), но сравнительно дешёвыми ($90) одноразовыми ячейками.

Задачи отечественного секвенаторостроения (июнь, 2019 г.) - 1

https://nanoporetech.com/products

Появление Flongle способно вызвать взрывной рост применения NGS (next generation sequencing) в клинической практике и потеснить обычную ПЦР-диагностику, объём рынка которой в России превышает миллиард рублей, а в мире измеряется миллиардами долларов. Но для большинства российских пациентов NGS-диагностика по-прежнему останется непозволительной роскошью, поскольку стоимость ячеек к Flongle на отечественном рынке будет выше 10 тысяч рублей. А если к ней добавить стоимость расходных реагентов, транспортные издержки и накладные расходы, то расчётная цена секвенирования одной пробы ДНК/РНК не опустится ниже 20 тысяч рублей.
Отсюда следует необходимость разработки отечественных нанопоровых секвенаторов и их обеспечения дешёвыми расходными материалами и реагентами.
Читать полностью »

Об авторе. Энди Томасон — ведущий программист Genomics PLC. Он с 70-х годов занимается графическими системами, играми и компиляторами; специализация — производительность кода.

Гены: краткое введение

Геном человека состоит из двух копий примерно по 3 миллиарда пар оснований ДНК, для кодирования которых используются буквы A, C, G и T. Это около двух бит на каждую пару оснований:

3 000 000 000 × 2 × 2 / 8 = 1 500 000 000 или около 1,5 ГБ данных.

На самом деле эти копии очень похожи, и ДНК всех людей практически одинаков: от торговцев с Уолл-Стрит до австралийских аборигенов.

Существует ряд «референсных геномов», таких как файлы Ensembl Fasta. Эталонные геномы помогают построить карту с конкретными характеристикам, которые присутствуют в ДНК человека, но не уникальны для конкретных людей.
Читать полностью »

Клеткам эмбрионов нужно пробраться по «ландшафту развития» к своей судьбе. Новые открытия касаются того, как у них получается делать это настолько эффективно

Математика, сообщающая клеткам, какими они должны быть - 1

В 1891 году, когда немецкий биолог Ханс Дриш разделил двухклеточный эмбрион морского ежа пополам, он обнаружил, что каждая из разделённых клеток в итоге выросла в полноценную, хотя и меньшую по размеру, личинку. Половинки каким-то образом «знали», как поменять программу развития: судя по всему, на этом этапе полные чертежи их развития ещё не были нарисованы (по крайней мере, не чернилами).

С тех пор учёные пытаются понять, как создаётся такой чертёж и насколько он детален. (Сам Дриш, раздосадованный тем, что не может найти ответ на этот вопрос, в отчаянии всплеснул руками и вообще перестал работать в этой области). Сейчас известно, что некая позиционная информация заставляет гены включаться и выключаться по всему эмбриону, и задаёт определённые роли клеткам на основании их местоположения. Однако кажется, что сигналы, переносящие эту информацию, колеблются сильно и хаотично – совсем не так, как можно было ожидать от важных инструкций.
Читать полностью »

«Hello»! Первое в мире автоматическое хранилище данных в молекулах ДНК - 1

Исследователи из Microsoft и Вашингтонского университета продемонстрировали первую полностью автоматизированную систему хранения данных в искусственно созданной ДНК с возможностью считывания. Это ключевой шаг на пути к переносу новой технологии из исследовательских лабораторий в коммерческие центры обработки данных.

Разработчики подтвердили концепцию с помощью простого теста: успешно закодировали слово «hello» во фрагментах синтетической молекулы ДНК и преобразовали его обратно в цифровые данные, используя полностью автоматизированную сквозную систему, которая описана в статье, опубликованной 21 марта в Nature Scientific Reports.

Читать полностью »

ДНК-хранилища пока не готовы выйти в массы, но некоторые эксперты считают, что ситуация изменится уже в ближайшее время. Все больше компаний начинает заниматься этом вопросом.

Обсуждение: станут ли ДНК-хранилища массовыми - 1Читать полностью »

Мы такого не ожидали: ежегодное открытое письмо от Билла и Мелинды Гейтс - 1

Как бы вы описали 2018 год? Оказался ли он таким, каким вы его ждали?

Мы бы ответили на этот вопрос скорее отрицательно. Начиная с особенно разрушительных природных катаклизмов и заканчивая рекордным количеством женщин, идущих на выборы, 2018 год оказался полным сюрпризов. Оглядываясь назад, мы оцениваем мир совсем не так, как видели его в прогнозах пару лет назад.

Преимущество неожиданностей состоит в том, что они часто могут служить призывом к действию. Людей может беспокоить тот факт, что реальность не совпала с их ожиданиями. Некоторые неожиданности помогают людям понять, что существующий порядок вещей необходимо менять. Некоторые сюрпризы подчёркивают тот факт, что преобразования уже начались.

Двадцать пять лет назад мы прочли статью, где было написано, что сотни тысяч детей в бедных странных умирают от диареи. Эта неожиданность помогла оформить наш взгляд на реальные ценности. Мы верим в мир, где инновации доступны всем, где дети не умирают от болезней, которые можно излечить. Но мы увидели мир, всё ещё зависящий от неравенства.
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js