Давайте представим, что вы начинающий или опытный биоинформатик, или "простой смертный", который хочет углубиться в анализ биологических данных. Спойлер: биоинформатики тоже смертные! Зачастую, не у каждого хватает ценного времени на проверку огромных последовательностей геномных данных, будь то поиск различных мутаций или прогнозирование структуры белков на основе последовательности аминокислот.
Но не переживайте, в этом вам поможет искусственный интеллектЧитать полностью »
Мир биоинформатики полон загадок: что такое избыточная ДНК, почему она занимает половину генома, и как это вообще работает? Кому-то может показаться, что некодирующая ДНК — это просто лишний "хлам", но на деле это, как если бы в вашем коде было полно комментариев, которые точно знают, как заставить ваш Python работать быстрее.
Сегодня мы с вами разберёмся, как эта загадочная избыточная ДНК умудряется контролировать экспрессию генов, совершенно ничего не транскрибируя. А чтобы вы не скучали, покажу примерчик на Python. Ведь кто же мы без кода?
Наше тело обладает замечательной способностью к регенерации при травмах. Само собой, у него есть свои пределы. Теперь ученые из Ноттингемского университета разработали способ улучшить естественный процесс, создав имплантаты из собственной крови пациента для восстановления после травм, даже для регенерации костей.
Комары отлично справляются с распространением таких болезней, как малярия. Но исследователи показали, что можно «перепрошить роль комара» и распространять вакцины через его укусы. В испытаниях на людях эти вакцины, переносимые комарами, оказались эффективными примерно на 90%.
Откуда таблетка обезболивающего знает, где именно у меня болит? Само собой, обезболивающие действуют комплексно, влияя на все ткани и органы. И снимает боль после того, как разойдется по организму. Пришло время пересмотреть эти принципы.
Яд насекомых кажется наименее вероятным вариантом для избавления людей от боли. Но понимание принципов, как именно маленький муравей может причинить сильную боль – это фундамент для исследования природы его яда и создания на его основе мощных обезболивающих.
Исследователи из Университета Квинсленда (UQ) подробно описалиЧитать полностью »
Не секрет, что музыкант может практиковаться, чтобы четко различать высоту звучания, или гонщик Формулы 1 практикуется, чтобы прокачать скорость реакции. Фактически, все млекопитающие способны прокачивать слух, зрение и другие чувства с помощью практики. Этот процесс известен как перцептивное обучение. И это обучение можно «разогнать» через активацию главного нерва, который соединяет мозг почти с каждым органом в теле. Первым повезло аугментироваться, как всегда, мышам.
| Автор сообщества Фанерозой, биотехнолог, Людмила Хигерович. |
| Внимание! В посте демонстрируются фотографии плесневых грибов крупным планом. Особо чувствительных просим воздержаться от просмотра во избежание получения непоправимой душевной травмы! |
Одна колония — буквально целый «город» грибов, со множеством уровней и коммуникаций.
Плесень — «народное» название сборной группы грибов разных таксонов, преимущественно аскомицетов и зигомицетов. Многие из них не являются родственными друг другу, и даже вступают в прямую конкуренцию, оказавшись в одном месте. Однако общие черты у них все же есть. Плесенью также называют микромицеты, т.е. грибы, большая часть органов которых микроскопического размера, и не видна невооруженным глазом. Но как же, спросите вы, вот я вижу бляшку плесени безо всякого микроскопа. Однако бляшка — это не весь гриб, это скорее колония. А сами органы и тела грибов действительно микроскопические.Читать полностью »
Меня зовут Александр Садовников, я выпускник корпоративной магистерской программы ИТМО и JetBrains «Разработка программного обеспечения» и по совместительству старший разработчик биоинформатического ПО в департаменте вычислительной биологии компании BIOCAD.
В этом посте я в доступной форме и без чрезмерного жонглирования нудными биоинформатическими терминами опишу один из ключевых этапов создания лекарственного средства — этап предсказания места взаимодействия лекарства с целевой молекулой в организме человека. Данная тема выбрана мной не случайно: в рамках своей дипломной работы я занимался именно этой проблемой.
Понять, как взаимодействуют две молекулы, можно, если предсказать структуру комплекса, который они формируют в природе. Предсказание структуры молекулярного комплекса по-научному называется задачей докинга. Частого использования этого термина я, к сожалению, избежать не смогу. Главная новость заключается в том, что задачу докинга человечество уже умеет с переменным успехом решать с помощью компьютерного моделирования. Это стало возможным, в частности, за счёт использования довольно известных за пределами биоинформатики алгоритмов и математических подходов. На их примере я покажу, как очень частные знания, которые мы получаем на протяжении многих лет учёбы в школе и вузе, оказываются полезными на практике, причём зачастую не самым очевидным образом.
Партнеры венчурного фонда Andreessen Horowitz, эксперты в области инвестиций в биотех Хорхе Конде, Виджай Панде и Джули Ю написали манифест о роли инженерных принципов для создания инноваций в биологии, основные мысли из которого легли в основу этого поста.
Человечество находится на пороге перехода биологии от эмпирической науки к инженерной дисциплине. На протяжении тысячелетий для воздействия на живые системы применялись техногенные подходы, сейчас же мы начали использовать собственные механизмы природы — с помощью биологической инженерии — для проектирования, масштабирования и преобразования самой жизни.
Гипотеза, проверка, пересмотр данных — это эмпирическая наука. Инжиниринг, однако, работает не совсем так: вы используете детали, которые хорошо знаете и понимаете, для проектирования и создания чего-либо, например софта. Мы хорошо умеем писать программы — отчасти потому, что начали делать их с нуля. Тем не менее идея перенести инженерное мышление в биологию, эволюционирующую миллиарды лет без участия человека, хорошо прижилась.
Читать полностью »
