Мой прошлый пост с треском провалился. А все потому, что я допустил серьезную ошибку, построив многоуровневую абстрактную модель. Будем исправлять.Читать полностью »
Рубрика «биоинформатика» - 10
Нейросистема: исправляем ошибки
2014-01-15 в 22:49, admin, рубрики: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, нейропрограммирование, ненормальное программирование, метки: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, нейропрограммированиеТерминология или раскладываем по полочкам
2014-01-13 в 22:49, admin, рубрики: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, мозг, ненормальное программирование, метки: биоинформатика, взлом мозга, искусственный интеллект, МозгМой предыдущий пост оправдал ожидания вызвал весьма оживленную дискуссию. Тема актуальная и интересная, поэтому стоит продолжать. И самое время заложить основы понимания и определиться с терминологией.Читать полностью »
Компьютеры для геномики
2013-11-28 в 16:05, admin, рубрики: биоинформатика, Блог компании ПостНаука, будущее здесь, геномика, суперкомпьютер, метки: биоинформатика, геномика, суперкомпьютер Сергей Науменко, научный сотрудник лаборатории эволюционной геномики факультета бионженерии и информатики МГУ им. Ломаносова рассказал ПостНауке о лаборатории, сепуркомьютерах, которые используются для обработки геномных данных, и проблемах, которые в связи с этим приходится решать.
Читать полностью »
Минздрав США угрожает компании 23andMe
2013-11-26 в 9:03, admin, рубрики: 23andme, Dura Lex, биоинформатика, Биотехнологии, метки: 23andme 
Агентство FDA (Food and Drug Administration) при министерстве здравоохранения и социальных служб США опубликовало письмо в адрес исполнительного директора стартапа 23andMe Энн Войчицки с предупреждением о правовых последствиях невыполнения предписанного действия.
Чиновники предупреждают, что анализ персональных геномов является медицинской деятельностью, а работа без соответствующего разрешения нарушает закон Federal Food, Drug and Cosmetic Act (FD&C Act). В частности, компания предлагает услуги персонального сервиса генотипирования (PGS), в рамках которого предоставляет индивидуальный отчёт о наличии или отсутствии 254 заболеваний и состояний, в том числе в тематических категориях «карьера», «риски для здоровья» и «реакция на лекарства». При этом PGS позиционируется как средство для раннего предупреждения о риске серьёзных заболеваний, таких как диабет, ишемическая болезнь сердца, рак груди. Анализ ДНК помогает найти неизвестных родственников, определить родословную, получать новую информацию о своих генетических маркерах по мере их расшифровки научным сообществом.
FDA считает, что большинство способов использования PGS указывают на то, что контейнер для приёма образцов слюны — это медицинский прибор, а генотипирование — медицинская услуга. Такие приборы и услуги требуют разрешения FDA.
Читать полностью »
Смертельная болезнь оказалась программным багом 23andMe
2013-11-25 в 20:45, admin, рубрики: 23andme, SNP, биоинформатика, Биотехнологии, метки: 23andme, SNP 
У немецкого программиста Лукаса Хартманна (Lukas F. Hartmann) недавно случился второй день рождения. Он узнал, что диагностированная у него по результатам генетического теста смертельная болезнь — всего лишь баг программы. В смысле, не его генетической программы, а компьютерной программы статистического анализа генетической информации.
23andMe — частная биотехнологическая компания из США, которая осуществляет изучение генома всего за $99. Человек должен отправить в фирму капельку слюны, а в ответ получит логин и пароль для доступа к результатам анализа (предупреждение: отправка генетического материала из России запрещена законодательством РФ, поэтому фирма 23andMe не принимает образцы из России).
Читать полностью »
Shortest Common Superstring Problem
2013-11-11 в 8:46, admin, рубрики: java, scss, Алгоритмы, биоинформатика, сжатие данных, строки, метки: java, scss, Алгоритмы, биоинформатика, сжатие данных, строкиПроблема кратчайшей общей надстроки формулируется следующим образом: найти кратчайшую строку, такую, что каждая строка из заданного набора являлась бы её подстрокой. Эта проблема имеет место как в биоинформатике (задача сборки генома в общем случае) так и в сжатии данных (вместо данных хранить их надстроку и последовательность пар, вида (индекс вхождения, длина)).
Когда я искал в сети информацию по этой проблеме и её решению на русском языке — находилась лишь пара постов про биоинформатике, где вскользь упоминаются эти слова. Кода (кроме жадного алгоритма), конечно же, тоже не было. Разобравшись в проблеме, этот факт сподвиг на статью здесь.
Осторожно, 4 мегабайта!
Читать полностью »
ScienceHub #03: Синтетическая микробиология
2013-11-06 в 8:23, admin, рубрики: биоинформатика, биология, Блог компании ПостНаука, будущее, генетика, ПостНаука, метки: биоинформатика, биология, будущее, генетика, ПостНаука Продолжая ездить по лабораториям и смотреть, как идут в будущее отечественные ученые, мы заглянули к микробиологу, генетику, Константину Северинову, и он поведал нам о том, какие сейчас наиболее активные течения в биологии, какие вскоре понадобятся ученые в этой области и какого рода задачи они будут решать.
Читать полностью »
Эволюция и генетические алгоритмы
2013-11-01 в 6:42, admin, рубрики: биоинформатика, видео, генетические алгоритмы, лекция, ненормальное программирование, эволюция, метки: видео, генетические алгоритмы, лекция, эволюцияПозвали прочитать открытую лекцию в алматинскую «Ракетную фирму». Ограничений в темах не было, поэтому я решил в очередной раз попробовать рассказать про эволюцию и генетические алгоритмы.
Почему верить в эволюцию – глупо, почему эволюция это не «всего лишь теория», где же все связующие звенья среди ископаемых, почему мы не происходили от обезьян и как работают генетические алгоритмы.
P.S. Лекция записывалась на камеру (полную версию в не очень хорошем качестве можно посмотреть здесьЧитать полностью »
Материалы летней школы по биоинформатике
2013-10-24 в 10:39, admin, рубрики: биоинформатика, биология, Биотехнологии, материалы, Мероприятия, образование, программирования, Учебный процесс в IT, школы, метки: биоинформатика, биология, материалы, Мероприятия, образование, программирования, школыЭтим летом в Москве прошла первая летняя школа по биоинформатике. В ней приняло участие более 100 человек, которые приехали из различных уголков России и СНГ и были разделены на два потока: «информатики» и «биологи». Организовал мероприятие Институт биоинформатики в сотрудничестве с СПбАУ РАН, МГУ, ИППИ РАН и программой GameChangers.
Про то, как прошла сама школа, на хабре уже писали наши студенты. Теперь же каждый желающий, не имевший возможности поучаствовать в школе, может ознакомиться с интересующими его докладами: мы выложили все видеозаписи лекций и все слайды презентаций онлайн.
Если вы впервые слышите про биоинформатику, то советую в первую очередь посмотреть вводную лекцию Аллы Лапидус, которая расставит всё на свои места. Сейчас Алла занимает ведущие позиции в центре геномной биоинформатики СПбГУ и в лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ РАН, а ранее долгое время руководила геномными проектами в DOE Joint Genome Institute (Калифорния).
Под катом можно посмотреть список всех прошедших лекций, включая их краткие описания, которые помогут вам сориентироваться, а также полные видеозаписи на русском.Читать полностью »
Алгоритмы в биоинформатике, онлайн-курс
2013-10-10 в 7:07, admin, рубрики: coursera, stepic, Алгоритмы, биоинформатика, Биотехнологии, образование, онлайн-курсы, Учебный процесс в IT, метки: coursera, stepic, Алгоритмы, биоинформатика, образование, онлайн-курсы 
Секвенирование генома человека десять лет назад явилось причиной вычислительной революции в биологии. Оно стало стимулом для создания бо́льшего числа новых алгоритмов, чем в любой другой фундаментальной области науки.
21 октября мы с Филлипом Компо и Павлом Певзнером из Университета Калифорнии запускаем онлайн-курс по алгоритмам в биоинформатике на Coursera. Уже до 21 октября можно посмотреть содержание первой главы курса и порешать задачи на нашем новом образовательном проекте Stepic, над которым работает команда широко известного в узких (биоинформатических) кругах проекта Розалинд.Читать полностью »