Компании-разработчики лекарственных средств тратят большие деньги на исследования. Так, в таблице топ-бюджетов R&D все компании раздела «Healthcare» – фармацевтические компании, что занимаются поиском новых лекарств. Дело в том, что поиск лекарственного средства сродни поиску иголки в стоге сена. Ускорить этот поиск и сэкономить помогают информационные технологии. Роль ІТ при поиске новых лекарств частично освещена на Хабре статьями разделов «биоинформатика» и «биотехнологии», в том числе этой . Однако читателям представлен только подход со стороны биологии. Здесь же предлагается более полный обзор с учетом достижений со стороны химии. Если интересно – поехали!
Читать полностью »
Рубрика «биоинформатика» - 10
Использование IT при поиске новых лекарственных средств: обзор направлений
2013-08-29 в 10:06, admin, рубрики: QSAR, биоинформатика, лекарства, хемоинформатикаЛетняя школа по биоинформатике
2013-08-09 в 14:55, admin, рубрики: биоинформатика, биология, Программирование, Учебный процесс в IT, метки: биоинформатика, биология, Программирование 
В этом посте, дорогой читатель, я кратко расскажу о том, как 100+ человек могут с пользой для знаний весело провести неделю лета.
Я постарался описать событие так, чтобы даже человек, находящийся совершенно не в теме, о чем идет речь, все равно бы прочитал с интересом и все понял.
В общем, это пост о нашей школе по биоинформатике, проходившей с 29 июля по 4 августа под Москвой. За подробностями — под кат.
Осторожно, траффик, все фото без катов!
Участники, организаторы и некоторые спикеры школы.
Читать полностью »
Симуляция 1-й секунды активности 1% мозга заняла 40 минут на кластере из 82 944 процессоров
2013-08-05 в 8:29, admin, рубрики: NEST, биоинформатика, высокая производительность, нейроны, метки: NEST, нейроны, сознаниеГруппа немецких и японских исследователей осуществили приблизительную компьютерную симуляцию мозговой активности сети нейронов головного мозга человека в масштабе 1% нейронной сети мозга на протяжении 1 секунды. На сегодняшний день это самый крупный эксперимент по симуляции мозговой активности.
Один процент головного мозга — это 1,73 млрд нервных клеток и 10,4 трлн соединяющих их синапсов. Чтобы провести эксперимент, учёные задействовали 82 944 процессора суперкомпьютера K и 1 петабайт памяти (24 байта на синапс).
Суперкомпьютер K
Читать полностью »
Нейросеть на практике: Задача коммивояжера
2013-08-04 в 13:34, admin, рубрики: биоинформатика, нейронные сети, метки: нейронные сети Добрый день, уважаемые хабропользователи.
Хотел бы поделиться практическим применением одного из алгоритмов нейродинамики, в продолжении моего поста Моделирование нейросети Машина Больцмана.
Реализация на примере решения задачи коммивояжера.
Немного напомню в чем ее суть.
Читать полностью »
Моделирование нейросети Машина Больцмана
2013-07-30 в 18:12, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, нейросети, метки: нейросетиУважаемое хабросообщество, решил поделиться с вами моими наработками в изучении нейросети Машины Больцмана, сделанными в студенческие года.
В России по данной теме было крайне мало информации. Даже руководитель нашей кафедры не мог мне помочь с материалом. Благо наш университет состоял в единой международной базе, и была возможность воспользоваться зарубежным опытом. В частности, большая часть была найдена в литературе оксфордского университета. По сути, данная статья является сборником информации из различных источников, переосмысленная и изложенная достаточно понятным языком, как мне кажется. Надеюсь кому-то будет интересно. Когда-то меня это заставляло не спать ночами.
Итак, приступим.
Читать полностью »
Снова о биоинформатике: сборка бактериальных геномов
2013-07-16 в 11:46, admin, рубрики: биоинформатика, геном, обзор, секвенирование, метки: биоинформатика, геном, обзор, секвенирование 
C тех пор, как я опубликовал первую обзорную статью о биоинформатике, прошел уже почти год. Хотелось бы писать чаще, но как раз биоинформатика отвлекаться и не дает. В предыдущей статье была упомянута задача сборки генома, а также Лаборатория алгоритмической биологии (СПбАУ РАН), в которой ей занимаются. Как уже было сказано, над этой задачей работают во многих университетах мира давно и достаточно успешно. Однако для сборки генома биологи получают огромное количество различных типов данных, каждый из которых имеет свои особенности. Около пяти лет назад появилась технология MDA, открывшая большие возможности в области изучения бактерий. В результате появился тип данных, для которого потребовался новый геномный сборщик. Через несколько лет он был разработан, и не в Стэнфорде или Массачусетсе, а в Санкт-Петербурге, в молодом Академическом университете. Но обо всем по порядку.
Читать полностью »
Парсек 2013: говорим о космосе и технологиях будущего
2013-07-08 в 9:28, admin, рубрики: 239, биоинформатика, будущее здесь, космонавтика, космос, научная фантастика, робототехника, технологии будущего, метки: 239, биоинформатика, космос, научная фантастика, робототехника, технологии будущегоПривет!
Я считаю, что есть неразрывная связь между мечтами конкретного человека и пользой, которую он приносит обществу. И как следствие, те, кто одержим научной фантастикой имеют все шансы приблизить будущее. К примеру те, кто смотрели Star Trek в 60-x — позже работали в НАСА, а те кто занимается робототехникой в немалой своей части пришли в неё благодаря Азимову.
Мне и моим соратникам захотелось внести свою лепту в этот процесс. И поэтому на следующей неделе, в рамках международного конвента любителей фантастики Старкон пройдёт небольшая, но очень насыщенная конференция Парсек 2013.
Я пригласил туда отличных докладчиков (многие из них с Хабра) и был удивлён, насколько охотно они откликнулись.
Ниже короткий список профильных докладов:
Метод опорных векторов для нахождения полиморфизмов в геноме
2013-06-13 в 13:40, admin, рубрики: data mining, genome, machine learning, SNP, SVM, Алгоритмы, биоинформатика, метки: genome, machine learning, SNP, SVM 
Статья 2013-ого года «A support vector machine for identification of single-nucleotide polymorphisms from next-generation sequencing data» (O'Fallon, Wooderchak-Donahue, Crockett) предлагает новый метод определения полиформизмов в геноме на основе применения метода опорных векторов (SVM). Хотя ранее в статье 2011-ого года «A framework for variation discovery and genotyping using next-generation DNA sequencing data» уже описывалось применение методов машинного обучения для определения однонуклеотидных полиморфизмов (SNP-ов, снипов), подход, основанный на использовании SVM, описан впервые в данной статье.
Определение полиморфизмов в геноме является важной (например, для полногеномного поиска ассоциаций aka GWAS), но нетривиальной задачей. Приходится учитывать, что многие организмы гетерозиготны, а также, что данные могут содержать ошибочную информацию.
Читать полностью »
Деанонимизация через генетическую информацию
2013-06-10 в 1:27, admin, рубрики: анонимность, биоинформатика, биология, Биотехнологии, будущее здесь, геном, гены, приватность, метки: анонимность, биология, геном, гены, приватность Краткая суть:
В Сети в открытом доступе некоторое время назад появились базы данных с генетической информацией людей (информацией разного уровня детализации — от полных последовательностей (сиквенса) всего генома до ограниченной информации по коротким тандемным повторам Y-хромосомы (Y-STRs). Например, энтузиасты делятся информацией о своих Y-STRs (гаплотип) на генеалогических сайтах для выяснения родственных связей и поиска дальних родственников, эти данные не анонимны. Так же в свободном доступе находится анонимная медицинская генетическая информация, например из научного проекта "1000 геномов человека" (проект по полной расшифровке геномов тысячи разных людей), где анонимность доноров ДНК поддерживается по этическим причинам.
Здесь начинается самое интересное. Генеалогические базы данных (даже весьма плохо заполненные, но тем не менее) позволяют деанонимизировать людей. Например, показано, что в случае искусственного оплодотворения спермой от анонимного донора, использование генеалогических баз данных позволяет узнать по крайней мере фамилию настоящего биологического отца ребенка (то есть через очень дальних родственников, засветившихся в базе, узнать, из какой семьи был донор), а при наличии дополнительной информации, такой, как место проживания и т.п., позволяет однозначно идентифицировать биологического отца. Недавно было показано, что находящиеся в свободном доступе анонимные генетические данные, плюс дополнительная информация о возрасте и т.п., позволяют точно установить личности примерно 50 анонимных доноров ДНК из проекта «1000 геномов человека». Это весьма настораживающее достижение, так как полная генетическая информация этих людей, находящаяся в открытом доступе, содержит данные об их предрасположенности к тем или иным заболеваниям и т.д., она может быть корыстно использована страховыми компаниями и подобными организациями.
Если Вам интересны детали и подробности, добро пожаловать под кат.
Читать полностью »
Найдены мутации генома, отвечающие за уровень образования
2013-06-03 в 18:45, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, геном, образование, метки: биоинформатика, геном, образованиеНа прошлой неделе в Science: международная команда исследователей сообщила о нахождении генетических вариаций, ассоциированных с количеством классов школы, заканчиваемых людьми с европейскими корнями.