Рубрика «биоинформатика» - 8

в 12:03, , рубрики: биоинформатика, Биотехнологии

В данной статье предлагаю рассмотреть создание достаточно быстро (~30 секнуд) устройства вводящего человека в состояние транса или гипнотического состояния.

В последнее время на хабре появилась ряд статей посвященных осознанным сновидениям.
И мне подумалось, что мои исследования в этой области могут быть интересными для других.

Началось все с попыток научным образом описать и объяснить феномен осознанных сновидений или другими словами ОСов. Для чего мне пришлось сделать массу экспериментов над собой и окружающими. Как правило эти эксперименты были безболезненными хотя случались исключения. В конечном мне довелось познакомиться с ребятами которые которые занимались этим исследованием более основательно. В частности у ребят оказался электроэнцефалограф (далее ЭЭГ), при помощи которого была снята ЭЭГ работы мозга человека во время осознанного сновидения.
Читать полностью »

в 5:24, , рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании Caspowa.com, геном, интервью, подкаст, метки: , , ,

Представляем второй выпуск подкаста о технологиях, процессах, инфраструктуре и людях в IT-компаниях. Сегодня в гостях у “CTOcast” — Игнатий Колесниченко, технический директор компании iBinom (анализ генома человека).Читать полностью »

в 11:07, , рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, Блог компании Яндекс, метки:

Рассказ Дмитрия Болотина посвящен программному обеспечению MiTCR, разработанному для анализа репертуаров иммунологических рецепторов. В своем докладе он рассмотрел основные особенности анализа сырых данных секвенирования, в частности, алгоритмы выравнивания последовательностей и коррекции ошибок в исходных данных, а также кратко описал архитектуру, производительность и ближайший план развития программы. Исходный код MiTCR открыт. В перспективе это ПО может вылиться в общую платформу для биоинформатиков, где они смогут обрабатывать свои данные и обмениваться ими с другими исследователями. Результатом такой совместной работы должен стать новый тип диагностики: при помощи анализа крови можно будет ответить не только на вопрос, есть ли у человека то или иное заболевание, а сразу определить, чем именно он болен.

Видеозапись доклада

Начнем мы издалека, чтобы было понятно, с какими данными мы работаем, и откуда они берутся. На картинке ниже очень схематично изображен иммунитет. Одним цветом окрашены клетки, которые имеют одинаковую специфичность (т.е. они распознают одни и те же типы инфекций). Мы называем такие клетки клонами. Во время инфекционной атаки, количество клеток, которые ее распознают, возрастает.

MiTCR – платформа для диагностики нового типа. Семинар в Яндексе

Специфичность этих клеток обусловлена тем, что у них на поверхности есть Т-клеточный рецептор, правила сборки которого записаны в соответствующем гене. Для последующего повествования важно понимать его структуру.
Читать полностью »

в 14:12, , рубрики: p=np, Алгоритмы, биоинформатика

Гипотетически предположим, что вы сумели доказать равенство P=NP. Что же теперь нужно сделать для обретения господства над целым миром?
Читать полностью »

в 8:28, , рубрики: data visualization, science, биоинформатика, Блог компании Visual Science, молекулярное моделирование, Научно-популярное, метки: , , ,

В нашем первом посте про трехмерное моделирование вирусов мы перечислили основные стадии процесса и рассказали о том, с чего мы начинаем и как собираем исходную информацию. В этой заметке мы расскажем о следующем этапе работы — о создании моделей отдельных молекул, из которых впоследствии будет собрана целая частица.

3D модели вирусов человека. Часть вторая: молекулярное моделирование и биоинформатика
Компоненты вирусной частицы Гриппа A/H1N1

Вирусная частица — это молекулярный механизм, решающий две принципиальные задачи. Во-первых, частица должна обеспечить упаковку вирусного генома и его защиту от деструктивных факторов среды, пока вирус путешествует из клетки, в которой он собрался, к клетке, которую он сможет заразить. Во-вторых, частица должна быть способна присоединиться к заражаемой клетке, после чего доставить вирусный геном и сопутствующие молекулы внутрь, чтобы запустить новый цикл размножения. Задач не очень много, поэтому вирусы, за редким исключением, могут позволить себе быть довольно экономными в том, что касается структуры.
Читать полностью »

в 16:53, , рубрики: биоинформатика, Биотехнологии

image

Недавно в топе Хабра появился пост, заставивший меня вылезти из read-only: «Overclock мозга или внутрення виртуализация сознания».
Вводящее в заблуждение название и не менее спорное содержание. Неприятные ощущения вызывает еще и тот факт, что при всей неточности и искажении фактов автор осмелился прикрепить к нему метку tutorial.

Желающих взглянуть на осознанные сновидения без налета авторской фантазии, прошу под кат.
Читать полностью »

в 19:17, , рубрики: биоинформатика, искусственный интеллект, Программирование, метки:

Логика мышления. Промежуточный итог

Итак, на сегодня в сеть выложены 17 статей из цикла «Логика мышления». Сам цикл – это попытка построить достаточно полную модель работы мозга. То есть, не просто описать отдельные механизмы, но и показать, как из их взаимодействия может рождаться человеческое мышление. То, что уже опубликовано – это фундамент излагаемой концепции. В нем показывается, как на уровне нейронов реализуются основные информационные механизмы. Этот фундамент определенным образом задает правила всей дальнейшей игры. Он определяет, каким инструментарием мы располагаем для реализации более сложных процессов. Я постарался показать, что, оставаясь в рамках биологически достоверных идей, можно создать модель, обладающую высокими вычислительными возможностями. Как пример было показано соответствие между свойствами коры и возможностями реляционной алгебры.
Читать полностью »

в 12:10, , рубрики: биоинформатика, искусственный интеллект, математика, метки:

Логика мышления. Часть 13. Ассоциативная память

Этот цикл статей описывает волновую модель мозга, серьезно отличающуюся от традиционных моделей. Настоятельно рекомендую тем, кто только присоединился, начинать чтение с первой части.

В предыдущей части мы показали как может выглядеть распределенная память. Основная идея заключается в том, что общий волновой идентификатор может объединить нейроны, которые своей активностью формируют запоминаемую картину. Чтобы воспроизвести конкретное событие достаточно запустить по коре соответствующий идентификатор воспоминания. Его распространение восстановит ту же картину активности, что была на коре на момент фиксации этого воспоминания. Но главный вопрос — это как нам получить требуемый идентификатор? Ассоциативность памяти подразумевает, что по набору признаков мы можем отобрать события, в описании которых присутствовали эти признаки. То есть должен существовать нейронный механизм, который позволит по описанию в определенных признаках, получить идентификатор подходящего под эти признаки воспоминания.

Когда мы говорили о распространении нейронных волн, мы исходили из того, что нейрон хранит на внесинаптической мембране те волновые картины, участником которых он является. Встретив знакомую картину, нейрон своим спайком создает продолжение уникального узора. И тут важно, что нейрон не просто в состоянии узнать волновую картину, а то, что он сам – часть распространяющегося узора. Только будучи сам частью уникальной волны нейрон способен участвовать в ее распространении.

Читать полностью »

в 19:37, , рубрики: биоинформатика, искусственный интеллект, робототехника, метки:

Логика мышления. Часть 11. Динамические нейронные сети. Ассоциативность

Этот цикл статей описывает волновую модель мозга, серьезно отличающуюся от традиционных моделей. Настоятельно рекомендую тем, кто только присоединился, начинать чтение с первой части.

Наиболее просты для понимания и моделирования нейронные сети, в которых информация последовательно распространяется от слоя к слою. Подав сигнал на вход, можно так же последовательно рассчитать состояние каждого из слоев. Эти состояния можно трактовать как набор описаний входного сигнала. Пока не изменится входной сигнал, останется неизменным и его описание.

Более сложная ситуация возникает, если ввести в нейронную сеть обратные связи. Чтобы рассчитать состояние такой сети, уже недостаточно одного прохода. Как только мы изменим состояние сети в соответствии с входным сигналом, обратные связи изменят входную картину, что потребует нового пересчета состояния всей сети, и так далее.

Идеология рекуррентной сети зависит от того, как соотносится задержка обратной связи и интервал смены образов. Если задержка много меньше интервала смены, то нас, скорее всего, интересуют только конечные равновесные состояния, и промежуточные итерации стоит воспринимать, как исключительно расчетную процедуру. Если же они сопоставимы, то на первый план выходит именно динамика сети.

Читать полностью »

в 15:51, , рубрики: computer science, биоинформатика, Блог компании Санкт-Петербургский академический университет, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика, Учебный процесс в IT, метки: , , , , ,

IT + образование. Еще раз о бакалавриате
Когда я оканчивал школу, мой учитель информатики на последнем уроке говорил следующие слова: «Чем дольше вы будете учиться и чем позже начнете работать, тем на большую зарплату вы сможете рассчитывать». С тех пор много воды утекло, и я успел несколько раз изменить собственное мнение по этому поводу, но в свете последних постов о проблемах образования в IT хотелось бы еще раз обсудить эту тему.

Компаниям, как правило, нужны программисты двух типов. Одни — «рабочие руки», т.е. те, кто умеет хорошо выполнять порученное им задание, и вторые — «рабочие мозги», т.е. те, кто может генерировать новые идеи, предлагать новые подходы, разрабатывать новые направления.
Что касается первой категории, то для того, чтобы в ней работать действительно может хватить пары курсов института и книжек перед сном. Со второй категорией все сложнее… Дело в том, что специалисты этого уровня должны иметь знания шире, чем это требуется для их непосредственной работы.
Вот о том, как готовить специалистов второй категории и хочется поговорить сегодня. И начать с азов — с бакалавриата.
Читать полностью »

1...789...17
Главная   |  Архив новостей  |   Android  |   Google  |   Apple  |   Microsoft  |   Информационная безопасность  |   Веб – разработка
Публикации RSS  |  Комментарии RSS
https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js