Рубрика «геном» - 5

image

Исследуя генетический материал 2636 жителей Исландии, учёные смогли вычислить, что общий предок всего человечества мужского рода жил примерно от 174 до 321 тысяч лет назад. С наибольшей вероятностью это значение равно 239 тысячам лет.

Этот результат вступает в противоречие с другой работой двухгодичной давности, в которой американские учёные из Университета Аризоны вычислили возраст общего мужского предка в 340 тысяч лет. С другой стороны, оно подтверждается чуть более ранним исследованием, в котором исследователи из Смитсоновского института оценили возраст "митохондриальной Евы", общего женского предка, в величину около 200 тысяч лет.
Читать полностью »

imageГлавный редактор MIT Technology Review Антонио Регаладо пообщался с сотрудниками Гарвардской медицинской школы, которые специализируются на разработке способов генных модификаций. Главный вывод, к которому он пришёл, таков: вмешательство в ДНК человека — это уже скорее вопрос этики, чем научная проблема. Какие вмешательства допустимы и к чему они могут привести? Готово ли общество к тому, что человека можно будет конструировать ещё до его рождения? И как скоро сюжет фильма «Гаттака» станет обыденной реальностью?
Читать полностью »

Биологический «замок» для искусственных организмов - 1Генетически изменённые или полностью синтезированные живые организмы внушают большие надежды, но в то же время и несут в себе некоторую угрозу. Хотя риски обычно преувеличивают, но всё равно есть вероятность, что выйдя из-под контроля синтетический организм изменит существующую экосистему.

Физической изоляции в лабораториях и на промышленных объектах недостаточно: карантин может быть нарушен из-за человеческой ошибки, техногенной аварии или стихийного бедствия. К тому же, некоторые организмы специально проектируют для того, чтобы они работали в открытой среде.

Поэтому биоинженеры сейчас активно работают над внедрением специальных защитных механизмов, которые не дадут вирусу или бактерии существовать в условиях, на которые он не запрограммирован. Один из таких механизмов описан в научной работе, которая 21 января 2015 года опубликована в журнале Nature.
Читать полностью »

Генетики Великобритании расшифруют геном 100000 человек для борьбы с раком и редкими заболеваниями - 1

Специалисты Государственной службы здравоохранения Великобритании (National Health Service) объявили о намерении построить 11 новых генетических центров. Эти планы — часть проекта  100000 Genomes Project. Основная цель проекта — расшифровка геномов десятков тысяч человек для получения информации о различных раковых заболеваний, а также редких генетических болезней.

Получение такой информации поможет специалистам более эффективно бороться с раковыми заболеваниями, а также различными наследственными заболеваниями.

Читать полностью »

image

По Гуглу, который еще три недели назад заявил о начале своего «Moon Shot project», уже проехались некоторые авторитетные издания. Но я пока что не авторитетное издание, поэтому могу позволить себе прокомментировать новость со значительным опозданием. Комментарий же назрел потому, что ни в одном издании я не увидел того, что кажется мне наиболее важным в этой истории.

Для начала, продублирую новость, т.к. возможно, вы о ней еще не слышали. Гугл заявил, что начинает «самый амбициозный и сложный научный проект за всю историю». Проект состоит в том, чтобы исследовать 175 здоровых людей и, на основе этого исследования, установить «уровень здорового человека» (что бы это ни значило). Т.е. Гугл хочет выяснить, как должен выглядеть здоровый человек, какой должна быть «норма». Я понимаю, что все это звучит очень расплывчато. Нужно привести формулировку каких-то измеримых целей. Но у меня ее нет, т.к. Гугл ничего подобного не предоставил.

Читать полностью »

И вот не прошло и полтора года как я добрался собрать третичную структуру тРНК. Напомню, что ранее писал статью на эту тему на хабре Развитие RNAInSpace… . Надо сказать, что около года я этим не занимался, но за это время вышла вторая моя научная статья на эту тему Применение теории игр для задачи сворачивания рибонуклеиновых кислот (это для тех кто захочет поговорить об этом профессионально). Но вот недавно я можно сказать получил третичную структуру тРНК и сверил её с образцом имеющимся в базе данных (PDB), который получен биологическими методами (кристалография).

Под катом рисунки 3D-структуры тРНК, пояснения и планы на будущие…

Читать полностью »

Представляем второй выпуск подкаста о технологиях, процессах, инфраструктуре и людях в IT-компаниях. Сегодня в гостях у “CTOcast” — Игнатий Колесниченко, технический директор компании iBinom (анализ генома человека).Читать полностью »

Sony создает компанию, занимающуюся исследованиями генома человека

Многие технологические корпорации, кроме основного бизнеса, ведут еще и побочную деятельность, которая, порой, кажется весьма далекой от их главного направления. Так, Google занимается, к примеру, вопросами исследования Луны, а также изучением основных вопросов геронтологии. А компания Sony сейчас собирается заняться изучением генотипа человека, для формирования в дальнейшем направлений деятельности, связанных с персонализированной медициной и здравоохранением.

Читать полностью »

Снова о биоинформатике: сборка бактериальных геномовC тех пор, как я опубликовал первую обзорную статью о биоинформатике, прошел уже почти год. Хотелось бы писать чаще, но как раз биоинформатика отвлекаться и не дает. В предыдущей статье была упомянута задача сборки генома, а также Лаборатория алгоритмической биологии (СПбАУ РАН), в которой ей занимаются. Как уже было сказано, над этой задачей работают во многих университетах мира давно и достаточно успешно. Однако для сборки генома биологи получают огромное количество различных типов данных, каждый из которых имеет свои особенности. Около пяти лет назад появилась технология MDA, открывшая большие возможности в области изучения бактерий. В результате появился тип данных, для которого потребовался новый геномный сборщик. Через несколько лет он был разработан, и не в Стэнфорде или Массачусетсе, а в Санкт-Петербурге, в молодом Академическом университете. Но обо всем по порядку.
Читать полностью »

Краткая суть:
В Сети в открытом доступе некоторое время назад появились базы данных с генетической информацией людей (информацией разного уровня детализации — от полных последовательностей (сиквенса) всего генома до ограниченной информации по коротким тандемным повторам Y-хромосомы (Y-STRs). Например, энтузиасты делятся информацией о своих Y-STRs (гаплотип) на генеалогических сайтах для выяснения родственных связей и поиска дальних родственников, эти данные не анонимны. Так же в свободном доступе находится анонимная медицинская генетическая информация, например из научного проекта "1000 геномов человека" (проект по полной расшифровке геномов тысячи разных людей), где анонимность доноров ДНК поддерживается по этическим причинам.

Здесь начинается самое интересное. Генеалогические базы данных (даже весьма плохо заполненные, но тем не менее) позволяют деанонимизировать людей. Например, показано, что в случае искусственного оплодотворения спермой от анонимного донора, использование генеалогических баз данных позволяет узнать по крайней мере фамилию настоящего биологического отца ребенка (то есть через очень дальних родственников, засветившихся в базе, узнать, из какой семьи был донор), а при наличии дополнительной информации, такой, как место проживания и т.п., позволяет однозначно идентифицировать биологического отца. Недавно было показано, что находящиеся в свободном доступе анонимные генетические данные, плюс дополнительная информация о возрасте и т.п., позволяют точно установить личности примерно 50 анонимных доноров ДНК из проекта «1000 геномов человека». Это весьма настораживающее достижение, так как полная генетическая информация этих людей, находящаяся в открытом доступе, содержит данные об их предрасположенности к тем или иным заболеваниям и т.д., она может быть корыстно использована страховыми компаниями и подобными организациями.

Деанонимизация через генетическую информацию

Если Вам интересны детали и подробности, добро пожаловать под кат.
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js