Рубрика «генетические алгоритмы» - 4

Эта статья короткое ответвление от цикла статьей по биовычислениям:
От белков к РНК, Мат. критерии, Как уменьшить число поворотов цепи?, Как оценить ход сворачивания односпиральной РНК?

В этих статьях задача сворачивания РНК представлена в новом свете — как задача теории игр. Но традиционно эта задача сейчас решается с применением различных стахостических оптимизирующих методов. А к ним относятся методы основанные на методе Монте-Карло, метод отжига, генетические алгоритмы, искусственные нейронные сети, Q-обучение, и все те которые представляют задачу как энергетическую поверхность в которой ищут экстремумы.

Казалось бы сама физика велит использовать эти методы в таких задачах как сворачивание РНК/белков. Здесь мы посмотрим почему это сильно проблемно.

Читать полностью »

Доброго времени суток, коллеги.
Этой статьей я продолжаю цикл посвященный EvoJ — Java фреймворку для решения задач генетическим алгоритмом.
В своей предыдущей заметке я познакомил читателей Хабра с основными принципами работы с EvoJ.

Сегодня мы рассмотрим, как при помощи EvoJ можно решить задачу упаковки в контейнеры.

Постановка задачи

Если в двух словах, то задача упаковки в контейнеры ставится следущим образом: имеется набор контейнеров определенного объема, и набор предметов, которые в эти контейнеры требуется уложить (вЧитать полностью »

Здравствуйте, коллеги!
Здесь часто появляются статьи на тему генетических алгоритмов, разрешите и мне внести свои пять копеек.
Вот уже пару лет я виде хобби разрабатываю Java-фреймворк EvoJ посвященный ГА. Когда я только начинал работу с ГА самое большое неудобство представляла необходимость векторизации переменных составляющих решение, поэтому в своем фреймворке я постарался сделать векторизацию переменных прозрачной для программиста, возложив всю грязную работу на плечи фреймворка. Кроме того, так как ГА очень хорошо поддается распараллеливанию, я постарался сделать переход к многопоточности не менее легким.
Читать полностью »

Одна из моих любимых тем в программировании – эволюционные вычисления и генетические алгоритмы в частности. Пару лет назад я поднимал эту (в целом уже заезженную) тему на Хабре, но сейчас глядя на то видео немного стыдно – слишком уж туманно и сумбурно было объяснение.
Сегодня я постараюсь объяснить генетические алгоритмы проще и нагляднее, а заодно рассказать вкратце о прототипе очень простого JavaScript-фреймворка для распределенных генетических вычислений degas.js. В двух словах – degas.js запускает генетический алгоритм в виде «треда» в браузере клиента используя web workers и обменивается информацией о полученных в ходеЧитать полностью »

Добрый день. В последнее время решил заняться самообразованием. Решено было начать с генетических алгоритмов.
Одно из замечатльных свойств ГА это то, что процедуры Селекции, Скрешивания и Мутации представления не имеют о Индивидах в Поколениях — для них это всего-лишь 0 и 1. Единстенная функция, которая знает, что же из себя представляют эти самые 0 и 1 — это ФитнессФункция.
Поэтому я решил, что было бы неплохо написать класс-каркас для любого ГА. Об это и будет данная статья. Предполагается, что вы уже знакомы с основами генетических алгоритмов.
Кому интресно, прошу под кат.
Несмотря на то, что мы пишем каркас, намЧитать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js