Рубрика «mpi»

Распределенные вычисления в Julia - 1

Если прошлая статья была скорее для затравки, то теперь пришло время проверить способности Джулии в распараллеливании на своей машине.

Читать полностью »

Джулия и параллельные вычисления - 1

С момента выхода в августе 2018, язык Julia активно набирает популярность, войдя в топ 10 языков на Github и топ 20 самых популярных профессиональных навыков по версии Upwork. Для начинающих стартуют курсы и выпускаются книги. Julia используется для планирования космических миссий, фармакометрики и климатического моделирования.

Перед тем как приступить к распределенным вычислениям в Julia обратимся к опыту тех, кто уже испробовал данную возможность нового ЯП для прикладных задач — от уравнения диффузии на двух ядрах, до астрономических карт на суперкомпьютере.

Читать полностью »

Совсем недавно мне пришлось решать очередную тривиальную учебную задачу от своего преподавателя. Однако, решая ее, мне удалось обратить внимание на вещи о коих я ранее вовсе не задумывался, возможно, не задумывались и Вы. Эта статья скорее будет полезна студентам да и всем, кто начинает свой путь в мир параллельного программирования с использованием MPI.

Бесполезный отложенный неблокирующий обмен сообщениями в MPI: лайт-аналитика и туториал для тех, кто немножечко «в теме» - 1

Наше &laquoДано: &raquo

Итак, суть нашей, в сущности вычислительной задачи, заключается в том, чтобы сравнить во сколько раз программа, использующая неблокирующие отложенные двухточечные передачи быстрее той, что использует блокирующие двухточечные передачи. Измерения будем проводить для входных массивов размерностью 64, 256, 1024, 4096, 8192, 16384, 65536, 262144, 1048576, 4194304, 16777216, 33554432 элементов. По умолчанию предлагается решать ее четырьмя процессами. А вот, собственно, и то, что мы будем считать:

Читать полностью »

Видеозапись вебинара «Julia — A fresh approach to numerical computing and data science» - 1

Команда FlyElephant в марте проводила вебинар с со-основателем и CEO в Julia Computing, а также со-автором языка Julia — Viral B. Shah, на тему "Julia — A fresh approach to numerical computing and data science".

Читать полностью »

Вебинар: Введение в Singularity - 1

Команда FlyElephant приглашает всех на вебинар "Введение в Singularity", который проведет
Gregory Kurtzer (HPC Systems Architect и Technical Lead в Lawrence Berkeley National Laboratory).
Вебинар будет проходить завтра, 15 февраля, в 19:00 (EET) / 9:00 am (PST). Язык — английский.
Читать полностью »

Метод рекурсивной координатной бисекции для декомпозиции расчетных сеток - 1

Введение

Расчетные сетки широко применяются при решении численных задач с помощью методов конечных разностей. Качество построения такой сетки в значительной степени определяет успех в решении, поэтому иногда сетки достигают огромных размеров. В этом случае на помощь приходят многопроцессорные системы, ведь они позволяют решить сразу 2 задачи:

  1. Повысить скорость работы программы.
  2. Работать с сетками такого размера, который не помещается в оперативной памяти одного процессора.

При таком подходе сетка, покрывающая расчетную область, разбивается на множество доменов, каждый из которых обрабатывается отдельным процессором. Основная проблема здесь заключается в «честности» разбиения: нужно выбрать такую декомпозицию, при которой вычислительная нагрузка распределена равномерно между процессорами, а накладные расходы, вызванные дублированием вычислений и необходимостью передачи данных между процессорами, малы.

Характерный пример двумерной расчетной сетки приведен на первой картинке. Она описывает пространство вокруг крыла и закрылка самолета, узлы сетки сгущаются к мелким деталям. Несмотря на визуальное различие в размерах разноцветных зон, каждая из них содержит примерно одинаковое число узлов, т.е. можно говорить о хорошей декомпозиции. Именно эту задачу мы и будем решать.
Читать полностью »

areas

Моделирование сложных физических процессов в наши дни рассматривается как важная технологическая возможность многими современными компаниями. Широко используемым сейчас подходом для создания вычислителей, способных рассчитывать сложные модели, является создание кластерных систем, где вычислительный узел представляет собой сервер общего назначения, подключенный к сети малой латентности и управляемый своей собственной ОС (как правило, из семейства GNU/Linux).

Введение виртуализационного слоя в системное ПО вычислительных кластеров, позволяет в течение нескольких минут создавать “виртуальный кластер”. Такие виртуальные кластера в рамках одной OpenStack инфраструктуры являются абсолютно независимыми. Пользовательские программы внутри них могут изменяться так, как нужно пользователю без каких-либо согласований с кем-либо, а логические устройства, на которых находятся пользовательские данные, недоступны другим виртуальным кластерам.

Поддержка сети малой латентности виртуализационными решениями представляет собой отдельную сложную проблему. Для прикладных программ в большинстве случаев современная виртуализация на основе KVM приводит к минимальным потерям вычислительной мощности (<1%). Однако специализированные тесты сетей малой латентности показывают накладные расходы от виртуализации не более 20% на операциях синхронизации.
Читать полностью »

Сегодня поговорим об оптимизации кода, который реализует муравьиный алгоритм нахождения оптимальных путей на графах. Узкие места в программе будем искать с помощью Intel VTune Amplifier XE 2016 Update 2, а оптимизировать с использованием MPI, OpenMP и библиотеки Intel Threading Building Blocks.

96 вычислительных ядер и оптимизация кода муравьиного алгоритма поиска маршрутов - 1

Наша цель заключается в том, чтобы добиться эффективной работы программы на компьютере с четырьмя процессорами Intel Xeon E7-8890 v4. Система оснащена 512 Гб оперативной памяти, на ней установлена Linux 3.10.0-327.el7.x86_64, код компилировался с помощью Intel Parallel Studio XE 2016 U2.
Читать полностью »

Обмен данными с использованием MPI. Работа с библиотекой MPI на примере Intel® MPI Library - 1

В этом посте мы расскажем об организации обмена данными с помощью MPI на примере библиотеки Intel® MPI Library. Думаем, что эта информация будет интересна любому, кто хочет познакомиться с областью параллельных высокопроизводительных вычислений на практике.

Мы приведем краткое описание того, как организован обмен данными в параллельных приложениях на основе MPI, а также ссылки на внешние источники с более подробным описанием. В практической части вы найдете описание всех этапов разработки демонстрационного MPI-приложения «Hello World», начиная с настройки необходимого окружения и заканчивая запуском самой программы.
Читать полностью »

image

В этом посте я хочу рассказать о своём опыте расчётов на суперкомпьютере Ломоносов. Я расскажу о решении задачи, честно говоря, для которой не нужно использовать СК, но академический интерес превыше всего. Подробную информацию о Читать полностью »