Приятно видеть, что читатели регулярно интересуется другими предметными областями – например, биологией (более конкретно – структурой и функцией биологических макромолекул). Однако некоторые посты (например, этот), вызывают у специалиста просто физическую боль из-за обилия совершенно диких фактологических ошибок. В этом посте мне хочется рассказать о структуре и функции белка. О том, что мы знаем и о том, чего не знаем, а так же об имеющихся в этой области вычислительных задачах, требующих решения и интересных IT-специалистам. Постараюсь рассказывать сжато и тезисно, чтобы информации было больше, а воды – меньше. Всех, интересующихся структурой белков, прошу под кат, там очень много букв.
Читать полностью »
Метка «биоинформатика» - 3
Структура белка: введение для айтишников
2013-06-02 в 18:37, admin, рубрики: биоинформатика, биология, Биотехнологии, метки: биоинформатика, биология, биотехнологииОсновы биоинформатики или как строить ферменты
2013-05-27 в 15:50, admin, рубрики: биоинформатика, биология, бионика, биообъекты, Биотехнологии, будущее здесь, гены, нейронные сети, метки: биоинформатика, биология, бионика, биообъекты, гены, нейронные сети, химия Приветствую, читатели! Сегодня мы поговорим о биологии и химии. В 21 веке химия заняла одну из самых важных позиций в нашем обществе: всё что нас окружает, многое из того, что мы едим, даже всеми нами любимый компьютер — результат химических технологий. Но почему-то на этом эволюция химических технологий завершилась — нам известно ОЧЕНЬ много про химию, а поэтому для «копания» осталось совсем немного разделов. Ну что же. Самое время вспомнить, что биология — это наука о саморегулирующихся химических системах. Фактически, биология — это качественно новый уровень химии, где не нужны мегапаскали и тысячи кельвинов для осуществления реакции. Хотите узнать как поставить биологию на службу химическим технологиям? Добро пожаловать под кат!
Читать полностью »
На какие вопросы можно ответить, проанализировав 1 500 000 уникальных историй болезней?
2013-04-30 в 9:47, admin, рубрики: алгоритмы поиска, алгоритмы сортировки, аутизм, биоинформатика, будущее здесь, Поисковые машины и технологии, метки: алгоритмы поиска, алгоритмы сортировки, аутизм, биоинформатика Существует ли связь между астмой и шизофренией?
Диабет и биполярное расстройство личности — могут ли они иметь что-то общее?
Сможет ли выявить столь нетривиальные связи анализ базы данных по 1500000 пациентов США?
предупреждение: под катом очень много текста
Читать полностью »
Магистратура Академического университета РАН: делимся опытом
2013-02-26 в 9:12, admin, рубрики: биоинформатика, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика, Учебный процесс в IT, метки: биоинформатика, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика 
Кафедра математических и информационных технологий Санкт-Петербургского Академического университета РАН создана в 2008 году. В этом году ей исполняется 5 лет. Настало время подвести промежуточные итоги и поделиться опытом с сообществом.
Мы уже несколько раз писали об этом на хабре. Правда раньше мы ограничивались сухими объявлениями.
Зачем мы решили открыть кафедру?
Браузеры генома
2013-02-23 в 9:49, admin, рубрики: биоинформатика, визуализация, геном, Софт, метки: биоинформатика, визуализация, геном Не последнюю роль в биоинформатике занимает визуализация. Учёные в этой области работают с огромными объёмами информации, которую хорошо бы как-то охватить взглядом и представить в голове. Ярким примером средства визуализации являются браузеры геномов (genome browser), о которых я и хочу рассказать.
Читать полностью »
Мой опыт введения в R или «I Love R»
2013-02-11 в 21:01, admin, рубрики: биоинформатика, Песочница, метки: биоинформатика Я — ученый [здесь про это подробнее]. «Пролетарий умственного труда». По образованию физик. Тружусь на ниве обработки медицинской и биологической информации 30+ лет.
В R работаю ровно 10 лет, мигрировав на него после 15 лет плотного сотрудничества с Matlab. Первопричиной миграции на другую рабочую платформу послужила моя собственная физическая миграция на противоположный край Земли в Окланд, Новая Зеландия. Здесь жизнь с первых дней толкнула меня в объятия R, о чем мне еще не приходилось жалеть.
Все чаще наблюдаю вспышки интереса к R в профессиональном ру.нете. Ну вот и на этом уважаемом ресурсе появляются статьи про него. Далее под катом моя первая попытка русскоязычного введения в R — первая (словесная) часть презентации, которую я делал для коллег факультета Animal Science, Iova State University три года назад.
(в сторону: а как, оказывется, трудно себя переводить...)
Читать полностью »
Развитие RNAInSpace, алгоритм CRA, проблемы программирования под Linux и прочие
2012-10-12 в 8:31, admin, рубрики: CRA, CRISP, Алгоритмы, биоинформатика, кибернетика, тРНК, фолдинг, метки: CRA, CRISP, биоинформатика, кибернетика, тРНК, фолдингЧто-то давно не писал, вот решил написать промежуточную статью о развитии RNAInSpace. Первый этап статей собран в Получена траектория сворачивания вироидного рибозима или новости с фронтов при использовании ПО RNAInSpace. Попробуем начать второй этап.
Второй этап я собирался начать со сворачивания тРНК. Тут оказались некоторые проблемы. С другой стороны, есть интересный алгоритм CRA, который должен помочь решить мне эти проблемы. Он сложный и я его не понимаю. Но он реализован в некоторых ПО в основном для Linux. Что есть большое фи. В общем обо все по порядку.
P.S. Ищу тех кто понимает математику и сможет помочь мне разобраться с алгоритмом CRA. С другой стороны, нуждаюсь в помощи тех кто использовал Gromacs.
Развитие RNAInSpace, алгоритм CRA, проблемы кода на Linux и прочие
2012-10-12 в 8:31, admin, рубрики: CRA, CRISP, Алгоритмы, биоинформатика, кибернетика, тРНК, фолдинг, метки: CRA, CRISP, биоинформатика, кибернетика, тРНК, фолдингЧто-то давно не писал, вот решил написать промежуточную статью о развитии RNAInSpace. Первый этап статей собран в Получена траектория сворачивания вироидного рибозима или новости с фронтов при использовании ПО RNAInSpace. Попробуем начать второй этап.
Второй этап я собирался начать со сворачивания тРНК. Тут оказались некоторые проблемы. С другой стороны, есть интересный алгоритм CRA, который должен помочь решить мне эти проблемы. Он сложный и я его не понимаю. Но он реализован в некоторых ПО в основном для Linux. Что есть большое фи. В общем обо все по порядку.
P.S. Ищу тех кто понимает математику и сможет помочь мне разобраться с алгоритмом CRA. С другой стороны, нуждаюсь в помощи тех кто использовал Gromacs.
Видеолекции по биоинформатике
2012-10-03 в 7:46, admin, рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, видеолекции, обучение, метки: биоинформатика, биотехнологии, видеолекции, обучение В институте цитологии и генетики ежегодно проводит школу молодых ученых. На школу приглашаются ведущие ученые в области биоинформатики и системной биологии. Мы уже второй год записываем лекции и выкладываем их в публичный доступ.
Читать полностью »
Правила игры в индустрии ИТ
2012-09-03 в 8:31, admin, рубрики: Fab Lab, i-free, jetbrains, бизнес, биоинформатика, будущее, введение, индустрия, искусственный интеллект, исследование, ит, менеджмент, открытые данные, рвк, Учебный процесс в IT, метки: Fab Lab, i-free, jetbrains, бизнес, биоинформатика, будущее, введение, индустрия, искусственный интеллект, исследование, ит, менеджмент, открытые данные, рвкДля чего полезно знать как устроена индустрия в которой работаешь? Мы считаем, что это дает возможность увидеть наилучшее для себя место (интересное и хорошо оплачиваемое) и/или своего собственного бизнеса (динамично развивающегося и общественно полезного) в этой самой индустрии.
Вот уже два года вместе с vyahhi и студентами межвузовской программы GameChangers мы изучаем устройство индустрии информационных технологий, и теперь хотим представить некоторые из материалов, которые у нас накопились за это время (видео и конспекты).Читать полностью »