Метка «биоинформатика» - 2

в 8:46, , рубрики: java, scss, Алгоритмы, биоинформатика, сжатие данных, строки, метки: , , , , ,

Проблема кратчайшей общей надстроки формулируется следующим образом: найти кратчайшую строку, такую, что каждая строка из заданного набора являлась бы её подстрокой. Эта проблема имеет место как в биоинформатике (задача сборки генома в общем случае) так и в сжатии данных (вместо данных хранить их надстроку и последовательность пар, вида (индекс вхождения, длина)).

Когда я искал в сети информацию по этой проблеме и её решению на русском языке — находилась лишь пара постов про биоинформатике, где вскользь упоминаются эти слова. Кода (кроме жадного алгоритма), конечно же, тоже не было. Разобравшись в проблеме, этот факт сподвиг на статью здесь.

Осторожно, 4 мегабайта!
Читать полностью »

в 8:23, , рубрики: биоинформатика, биология, Блог компании ПостНаука, будущее, генетика, ПостНаука, метки: , , , ,

Продолжая ездить по лабораториям и смотреть, как идут в будущее отечественные ученые, мы заглянули к микробиологу, генетику, Константину Северинову, и он поведал нам о том, какие сейчас наиболее активные течения в биологии, какие вскоре понадобятся ученые в этой области и какого рода задачи они будут решать.
ScienceHub #03: Синтетическая микробиологияЧитать полностью »

в 10:39, , рубрики: биоинформатика, биология, Биотехнологии, материалы, Мероприятия, образование, программирования, Учебный процесс в IT, школы, метки: , , , , , ,

Этим летом в Москве прошла первая летняя школа по биоинформатике. В ней приняло участие более 100 человек, которые приехали из различных уголков России и СНГ и были разделены на два потока: «информатики» и «биологи». Организовал мероприятие Институт биоинформатики в сотрудничестве с СПбАУ РАН, МГУ, ИППИ РАН и программой GameChangers.

Про то, как прошла сама школа, на хабре уже писали наши студенты. Теперь же каждый желающий, не имевший возможности поучаствовать в школе, может ознакомиться с интересующими его докладами: мы выложили все видеозаписи лекций и все слайды презентаций онлайн.

Если вы впервые слышите про биоинформатику, то советую в первую очередь посмотреть вводную лекцию Аллы Лапидус, которая расставит всё на свои места. Сейчас Алла занимает ведущие позиции в центре геномной биоинформатики СПбГУ и в лаборатории алгоритмической биологии СПбАУ РАН, а ранее долгое время руководила геномными проектами в DOE Joint Genome Institute (Калифорния).

Материалы летней школы по биоинформатике

Под катом можно посмотреть список всех прошедших лекций, включая их краткие описания, которые помогут вам сориентироваться, а также полные видеозаписи на русском.Читать полностью »

в 7:07, , рубрики: coursera, stepic, Алгоритмы, биоинформатика, Биотехнологии, образование, онлайн-курсы, Учебный процесс в IT, метки: , , , , ,

Алгоритмы в биоинформатике, онлайн курсСеквенирование генома человека десять лет назад явилось причиной вычислительной революции в биологии. Оно стало стимулом для создания бо́льшего числа новых алгоритмов, чем в любой другой фундаментальной области науки.

21 октября мы с Филлипом Компо и Павлом Певзнером из Университета Калифорнии запускаем онлайн-курс по алгоритмам в биоинформатике на Coursera. Уже до 21 октября можно посмотреть содержание первой главы курса и порешать задачи на нашем новом образовательном проекте Stepic, над которым работает команда широко известного в узких (биоинформатических) кругах проекта Розалинд.Читать полностью »

в 13:34, , рубрики: autodesk, CAD/CAM, Анимация и 3D графика, биоинформатика, биопечать, Биотехнологии, ненормальное программирование, метки: , , , ,

image
Карлос Олгуин (Carlos Olguin) — руководитель исследований в области био/нано/программируемого вещества в R&D подразделении Autodesk. Его группа в составе 18 специалистов изучает возможности проектирования, связанные с программированием вещества, в разных областях и в разных масштабах, сотрудничая с исследователями из ведущих научных учреждений и коммерческих компаний со всего мира. В преддверии приезда Карлоса на Autodesk University Russia мне удалось задать ему несколько вопросов о его работе
Читать полностью »

в 10:08, , рубрики: 239, биоинформатика, лекториум, нанотехнологии, образование, робототехника, метки: , , ,

image

Скоро стартует набор в кружки знаменитой школы 239 (Санкт-Петербург). Для детей Питера и ЛО, с 6 по 11 класса. Все занятия бесплатные и проводятся ведущими преподавателями в своей области.

Уверен,ам будут интересны следующие направленности:
Математический центр
Робототехнический центр
It направление
Нанотехнологии (да, в 239 есть своя нанолаборатория)

Читать полностью »

в 14:55, , рубрики: биоинформатика, биология, Программирование, Учебный процесс в IT, метки: , ,

image

В этом посте, дорогой читатель, я кратко расскажу о том, как 100+ человек могут с пользой для знаний весело провести неделю лета.
Я постарался описать событие так, чтобы даже человек, находящийся совершенно не в теме, о чем идет речь, все равно бы прочитал с интересом и все понял.
В общем, это пост о нашей школе по биоинформатике, проходившей с 29 июля по 4 августа под Москвой. За подробностями — под кат.
Осторожно, траффик, все фото без катов!

image
Участники, организаторы и некоторые спикеры школы.
Читать полностью »

в 11:46, , рубрики: биоинформатика, геном, обзор, секвенирование, метки: , , ,

Снова о биоинформатике: сборка бактериальных геномовC тех пор, как я опубликовал первую обзорную статью о биоинформатике, прошел уже почти год. Хотелось бы писать чаще, но как раз биоинформатика отвлекаться и не дает. В предыдущей статье была упомянута задача сборки генома, а также Лаборатория алгоритмической биологии (СПбАУ РАН), в которой ей занимаются. Как уже было сказано, над этой задачей работают во многих университетах мира давно и достаточно успешно. Однако для сборки генома биологи получают огромное количество различных типов данных, каждый из которых имеет свои особенности. Около пяти лет назад появилась технология MDA, открывшая большие возможности в области изучения бактерий. В результате появился тип данных, для которого потребовался новый геномный сборщик. Через несколько лет он был разработан, и не в Стэнфорде или Массачусетсе, а в Санкт-Петербурге, в молодом Академическом университете. Но обо всем по порядку.
Читать полностью »

в 9:28, , рубрики: 239, биоинформатика, будущее здесь, космонавтика, космос, научная фантастика, робототехника, технологии будущего, метки: , , , , ,

Привет!

Я считаю, что есть неразрывная связь между мечтами конкретного человека и пользой, которую он приносит обществу. И как следствие, те, кто одержим научной фантастикой имеют все шансы приблизить будущее. К примеру те, кто смотрели Star Trek в 60-x — позже работали в НАСА, а те кто занимается робототехникой в немалой своей части пришли в неё благодаря Азимову.

Парсек 2013: говорим о космосе и технологиях будущего

Мне и моим соратникам захотелось внести свою лепту в этот процесс. И поэтому на следующей неделе, в рамках международного конвента любителей фантастики Старкон пройдёт небольшая, но очень насыщенная конференция Парсек 2013.

Я пригласил туда отличных докладчиков (многие из них с Хабра) и был удивлён, насколько охотно они откликнулись.

Ниже короткий список профильных докладов:

Читать полностью »

в 18:45, , рубрики: биоинформатика, Биотехнологии, геном, образование, метки: , ,

На прошлой неделе в Science: международная команда исследователей сообщила о нахождении генетических вариаций, ассоциированных с количеством классов школы, заканчиваемых людьми с европейскими корнями.

Читать полностью »

123...4
Главная   |  Архив новостей  |   Android  |   Google  |   Apple  |   Microsoft  |   Информационная безопасность  |   Веб – разработка
Публикации RSS  |  Комментарии RSS
https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js