Приветствую, читатели! Сегодня мы поговорим о биологии и химии. В 21 веке химия заняла одну из самых важных позиций в нашем обществе: всё что нас окружает, многое из того, что мы едим, даже всеми нами любимый компьютер — результат химических технологий. Но почему-то на этом эволюция химических технологий завершилась — нам известно ОЧЕНЬ много про химию, а поэтому для «копания» осталось совсем немного разделов. Ну что же. Самое время вспомнить, что биология — это наука о саморегулирующихся химических системах. Фактически, биология — это качественно новый уровень химии, где не нужны мегапаскали и тысячи кельвинов для осуществления реакции. Хотите узнать как поставить биологию на службу химическим технологиям? Добро пожаловать под кат!
Читать полностью »
Рубрика «биоинформатика» - 13
Основы биоинформатики или как строить ферменты
2013-05-27 в 15:50, admin, рубрики: биоинформатика, биология, бионика, биообъекты, Биотехнологии, будущее здесь, гены, нейронные сети, метки: биоинформатика, биология, бионика, биообъекты, гены, нейронные сети, химияСамые крутые и ужасающие бионические роботы
2013-05-08 в 16:26, admin, рубрики: биоинформатика, будущее здесь, робототехника 
Официальное предостережение: ввиду наступления праздников, переводчик наглым образом добавил от себя в статью ненаучной отсебятины, так его растак. Меры уже приняты.
При создании хорошего робота часто бывает полезно выйти наружу из секретной лаборатории и осмотреться в поисках вдохновения. Заимствуя ТТХ и перки у насекомых, птиц, рыб и млекопитающих сумрачные гении создавали порой роботов, которые не только плавают и прыгают, но и тех, что воруют книги и очень мило себя ведут.
Один одаренный гражданин Японии, например, создал 11-метровую дымящую самодвижущуюся машину, вдохновившись внешним видом жука-носорога.
Чтобы подвиг таких героев не остался незамеченным, давайте посмотрим на плоды их трудов.
На какие вопросы можно ответить, проанализировав 1 500 000 уникальных историй болезней?
2013-04-30 в 9:47, admin, рубрики: алгоритмы поиска, алгоритмы сортировки, аутизм, биоинформатика, будущее здесь, Поисковые машины и технологии, метки: алгоритмы поиска, алгоритмы сортировки, аутизм, биоинформатика Существует ли связь между астмой и шизофренией?
Диабет и биполярное расстройство личности — могут ли они иметь что-то общее?
Сможет ли выявить столь нетривиальные связи анализ базы данных по 1500000 пациентов США?
предупреждение: под катом очень много текста
Читать полностью »
Цвет: сложные ответы на простые вопросы
2013-04-23 в 7:13, admin, рубрики: биоинформатика, свет, цвет, метки: свет, цветИзвестно, что на любой вопрос можно дать простой, понятный, убедительный неправильный ответ. Временами этот ответ столь прост и убедителен, что его очевидной неправильности попросту не замечают миллиарды людей.
Сегодня я хотел бы рассказать об одном таком простом вопросе и о двух ответах на него: простом, всем известном, но неправильным; и сложном, непонятном, но правильном.
Это рассказ о цветах. Все мы знаем ещё с детства, что белый свет можно разложить в радугу; а затем из цветов радуги можно собрать как обратно белый свет, так и любой другой цвет, воспринимаемый глазом. Более того, мы твёрдо уверены, что любой цвет можно получить, имея всего три базовых цвета — например, красный, зелёный и синий. Мы проделывали это сотни раз с акварельными красками, и сейчас читаем этот текст с экрана монитора, построенного на этом нехитром принципе.
Также все мы со школы знаем, что белый свет — это смесь световых волн разной длины. Используя тот факт, что волны разной длины по-разному преломляются, мы, с помощью призмы, можем получить «чистый» свет с конкретной заданной длиной волны. Каждому из базовых цветов соответствует своя конкретная длина волны; например, красному соответствует свет с длиной волны 635-700 нм, оранжевому — 590-635 нм, жёлтому — 560-590 нм.
Эти два факта отлично известны любому школьнику. Однако почему-то никто не замечает очевидного противоречия между этими двумя фактами. А именно: если мы возьмём монохромный красный свет (скажем, 650 нм) и смешаем с монохромным жёлтым светом (допустим, 570 нм) мы никак не можем получить оранжевый свет с длиной 610 нм — длины волн не складываются и не усредняются, мы просто получим смесь из 650- и 570-нм волн! Тем не менее, если смешать желтую краску с красной — мы получим оранжевую, и это тоже совершенно несомненно.
Декодирование изображений из мозга человека
2013-04-05 в 11:24, admin, рубрики: биоинформатика, будущее здесь, декодирование, обработка изображений, распознавание изображений, метки: декодирование, распознавание изображений 
Сегодня в журнале Science публикована научная работа (pdf) с описанием нового метода автоматической реконструкции изображений из мозга человека. Авторы научной работы считают, что их метод более точный, чем предыдущие работы в этой области: хорошо распознаются символы алфавита и простые контрастные фигуры.
Пока что декодер распознаёт только картинки, которые реально видит человек в данный момент, но в будущем он должен работать и на воображаемых изображениях. В этом случае станет возможным, например, набирать текст с закрытыми глазами.
Читать полностью »
Оцифровка человека: мы не готовы
2013-04-01 в 18:24, admin, рубрики: биоинформатика, будущее здесь, Исследования и прогнозы в IT, Сетевые технологии, телепортация, метки: сетевые технологии, телепортация 
Идея информационной телепортации крайне проста: специальный сканер разбирает объект на атомы, одновременно считывая их полное состояние. Полученные данные передаются в пункт назначения, где 3D-принтер с атомарным разрешением печатает исходный объект. Просто, логично, понятно. Многократно показано в фантастике (например, в фильме «Трон»).
Какова же должна быть пропускная способность сети для комфортной телепортации? Хватит ли нам плохонького 3G от «большой тройки»?
Читать полностью »
Стэнфордские учёные создали компьютер внутри живой клетки
2013-03-31 в 16:19, admin, рубрики: биоинформатика, биологический компьютер, Биотехнологии, будущее здесь, днк, логические элементы, РНК, метки: биологический компьютер, днк, логические элементы, РНК 
В XIX веке Чарльз Бэббидж, разрабатывая проект своей вычислительной машины, опирался на механические элементы. ЭНИАК, первая современная универсальная ЭВМ, созданная в середине 40-ых, была основана на особенностях работы вакуумных ламп. Сегодня компьютеры используют транзисторы на основе полупроводниковых элементов для проведения логических операций.
Команда биоинженеров Стэнфордском университете в свою очередь создала логический элемент из генетического материала, который получил название биологический транзистор или транскриптор. Об этом они сообщили в журнале Science 28 марта этого года.
В публикации исследователи описали универсальную систему генетических транзисторов, которая может быть помещена в живую клетку и быть включена или отключена при определенных условиях. Авторы исследования высказывают надежду, что со временем такие группы транзисторов могут стать микроскопическими живыми компьютерами. Компьютеры такого рода могут выполнять разнообразные задачи, к примеру, определять наличие определенного токсина в клетке, считать количество делений раковой клетки или предоставлять детальную и точную информацию о взаимодейтсвии препарата на какой-либо вид клеток.
Читать полностью »
Магистратура Академического университета РАН: делимся опытом
2013-02-26 в 9:12, admin, рубрики: биоинформатика, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика, Учебный процесс в IT, метки: биоинформатика, наука, образование, разработка программного обеспечения, теоретическая информатика 
Кафедра математических и информационных технологий Санкт-Петербургского Академического университета РАН создана в 2008 году. В этом году ей исполняется 5 лет. Настало время подвести промежуточные итоги и поделиться опытом с сообществом.
Мы уже несколько раз писали об этом на хабре. Правда раньше мы ограничивались сухими объявлениями.
Зачем мы решили открыть кафедру?
Браузеры генома
2013-02-23 в 9:49, admin, рубрики: биоинформатика, визуализация, геном, Софт, метки: биоинформатика, визуализация, геном Не последнюю роль в биоинформатике занимает визуализация. Учёные в этой области работают с огромными объёмами информации, которую хорошо бы как-то охватить взглядом и представить в голове. Ярким примером средства визуализации являются браузеры геномов (genome browser), о которых я и хочу рассказать.
Читать полностью »
Непоследовательный компьютер
2013-02-15 в 18:23, admin, рубрики: fpga, биоинформатика, Исследования и прогнозы в IT, ненормальное программирование, отказоустойчивость, метки: fpga, отказоустойчивость Двое английских учёных Peter Bentley и Christos Sakellariou создали компьютер, который подобно мозгу человека выполняет инструцкии не последовательно, а сегментами в случайном порядке.
По словам учёных, такой механизм позволяет этому компьютеру адаптироваться к критическим ситуациям и обходить их без остановки работы.
Читать полностью »