Рубрика «эволюция» - 24

Посвящается Энди Рубину, Рику Майнеру, Нику Сирсу и Крису Уайту.

image

Сейчас много любителей Android, имеющих, как минимум, одно устройство под его управлением, чуть меньше тех, кто просто немного пользовался системой, и уж точно нет почти никого, кто не слышал об этой популярной операционной системе.

Для представителей последней группы, непонятным образом оказавшихся на Хабре:

Google Android - это ...

построенная на основе Linux операционная система, преимущественно, для мобильных устройств с сенсорным управлением, таких как смартфоны и планшеты. По своей природе ОС является открытым ПО, распространяется по Apache лицензии на пользовательское окружение и по GNU лицензии на ядро, которые позволяют системе быть доступной для изменения и распространения производителями устройств и простыми пользователями.

Долго собирал разного рода информацию для себя по этой ОС с целью создания общей картины о ее месте на рынке мобильных устройств и перспектив.
Кроме того, статья содержит примеры использования нескольких полезных вэб-сервисов:

  • timeline.verite.co — создание интерактивного таймлайна на примере хронологии выпуска версий Android, бесплатно;
  • easel.ly — хороший и тоже бесплатный помощник для создания инфографики.

Читать полностью »

Я начну с провокационного заявления — «биологи не публикуют детали своих исследований». Казалось бы столько статей, столько исследований… но где описание и детализация информации, которая получена? Её в принципе нет. А статьи без такой информации пусты и спорны. Каждый нахваливает свой метод, но много ли кто озаботился верификацией чужих данных, а главное смог ли он её сделать?

Можно лишь приветствовать появление таких биоинформационных баз как NCBI genomes и PDB, в которые исследователи помещают данные о секвенированных геномах и структурах РНК, белков. И главное, некоторые ученные прежде чем опубликовать статью, прежде помещают данные в биоинформационные базы.

Вы скажите есть много других баз — но я вам скажу они менее серьезные, и как правило перепосты этих двух с некоторой адаптацией. Но главное, что вся другая биоинформационная информация, можно сказать вторичная — не помещается в базы. А в статьях тем не менее идут различные спекуляции.

Конечно, так оно выглядит только для таких дилетантов как я. У настоящих же профессионалов все как в аптеке. Поэтому можете не утруждать себя ответом на эти пафосные заявления. Мы просто поговорим как выглядит биоинформатика в её частных областях глазами дилетанта. Но может и вас эта история к чему нибудь побудит.

Мы поговорим ниже о построение дерева эволюции согласно Дарвину, посмотрим на сколько это справедливо и таки я в итоге дам полное дерево (в рамках имеющейся информации) эволюции бактерий на основании самых консервативных генов тРНК. И дам пояснение о методе построения такого дерева.

Специалистам в биоинформатике рекомендую читать с раздела №5, пропустив весь мой пафос.

Читать полностью »

Думаю многие ИТ-специалисты интересуются не только программированием, но и вопросами более земными и частенько их можно застать рассуждающими о происхождении человека, разума и т.д. Мы обратимся к самому началу — происхождению видов бактерий. И хотя там есть много узкоспециальных вопросов, сам принцип построения филогенетических деревьев не такой легкий, но захватывающий. О нем то мы и будем говорить.

Чуть ранее я написал статью Систематика прокариот — дальние родственники, где сообщил о грубых результатах и методе их получения. Он несколько не классический, но вполне укладывается в научную парадигму. Достаточно «жесткий» диалог с Davidov, который имел место быть в этой статье, может создать впечатление проблематичности метода о котором я говорю. Но мы потом сели и спокойно обсудили, и подвели некоторые итоги. Суть диалога представляет некоторый интерес и я его вначале частично опубликую.

А затем хочу продемонстрировать один наглядный пример построения дерева «происхождения видов» с помощью моего подхода (назовем его «детерминированный подход»). По сути метод можно обобщить, и тогда он не будет относится только к филогенетике и его можно использовать в других областях, когда нужно граф превратить в дерево, выкинув слабые связи.

Читать полностью »

Замечательная беседа эволюционного биолога и автора многих научно-популярных книг ("Бог как иллюзия", "Эгоистичный ген", «Величайшее Шоу на Земле: свидетельства эволюции» и др.) Ричачрда Докинза и американского популяризатора науки, астрофизика и космолога Лоуренса Краусса в стенах университета штата Аризона. Темы: наука, эволюция, религия, бог и его место в современном обществе и науке; образование и политика, квантовая физика, вселенная и наше в ней место.

В конце выступления ученые отвечают на вопросы из зала.Читать полностью »

В предыдущей статье я не сильно утруждал себя детальным описанием идеи. Мне казалось она интуитивна понятна и элементарна. Но после дискуссии с Davidov понял, что идею не так то просто схватить. Дело в том, что сейчас классические представления в филогенетике строятся на одной догме, которая искажает мировоззрение биологов.

Когда мы строим эволюционное дерево — мы конечно же хотим знать в какой последовательности во времени видообразовывались виды. Но классическая филогенетика объявила, что это не научно ставить такой вопрос. И по сути расписалась в своем невежестве. Действительно, судить о времени видообразования, в то время как эволюционный процесс идет каждую минуту сложно. Но можно. Пояснить как это можно и призвано данное детализированное объяснение.

Читать полностью »

Еще летом я запланировал эксперимент и написал статью Использование UML для эксперимента по эволюционной систематике прокариот, и косвенно о психологии ученых. Результаты по грубой обработки уже были готовы к концу лета (спасибо, mktums за помощь ).

Вот теперь образовалась пауза, и я добил эту тему, и представляю результаты.

Читать полностью »

image

Собрал небольшой список пунктов эволюции фрилансера, каждый +1 сделает вас продуктивнее или дороже на рынке.
Список взят из моей жизни, я уже как год практикующий фрилансер, до этого никогда не покидал России, за последний год посетил 9 стран, в следующем году надеюсь посетить ещё 20.

1) Никогда ничего не забывайте. Для этого каждую мелкую задачу я всегда добавляю в miniplan.ru и я всегда получу в нужный момент письмо или смску, все совершенно бесплатно.
2) Самоосознание. Когда работаешь без прямого начальника, когда зарплата не два/раз в месяц, нужно максимально осознать свою жизнь, понимать как вы работаете, как вы получаете деньги, забиваете ли вы на работу, к чему стремитесь. Если в обычной жизни можно плыть по течению то фриланс вам приоткрывает двери осознанной жизни.
3) Отдыхайте. Работодателя нет и вы сами должны заботиться о своем отпуске, сделайте так чтобы его было больше, чем если бы вы работали по прямому найму. Не забывайте о перерывах в работе. Отдых сделает вас продуктивнее или абсолютно расслабит и тут вам поможет самоосознание.
Читать полностью »

Игра «Жизнь»: моделируем эволюциюВ комментариях к моему предыдущему посту «Игра «Жизнь» и моделирование естественного отбора» первое же, что предложили, — добавить скрещивание, чтобы новая клетка получала не копию генома одного родителя, а смесь от нескольких. Я подозревал, что итог это не изменит. Но, покрутив в голове идею, заинтересовался: ведь так можно получить модель не просто естественного отбора, а уже полноценной эволюции. Благо, реализовать это было не сложно. Так что встречайте: «Жизнь», теперь со скрещиванием и мутациями.

Ну да, ещё и с мутациями. Моделировать, так моделировать.

Подробности, как водится, под катом.
Читать полностью »

Здравствуй!

Несколько лет назад в прикладных целях я реализовал обычный Force-based визуализатор графов.

На меня произвело впечатление, как простые итеративные преобразования могут производить субъективно сложные и интересные вычисления, формируя нетривиальные визуально-кинетические модели.

Со временем возникло несколько идей, что интересного можно смоделировать.

Вот что получилось с одной из них:

Читать полностью »

Видя заголовок с такой темой я сразу понимаю, что врятли далее будет написано что-то хотя бы без толики сарказма.
image
Читать полностью »


https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/3.4.1/jquery.min.js